Имеются многочисленные доказательства того, что изменение взаимосвязи между составом кишечной микробиоты и организмом человека сопровождается развитием аллергических и иммунопатологических состояний, а также ряда заболеваний, таких как ожирение, сахарный диабет II типа, воспалительные заболевания кишечника, синдром раздраженной кишки, различные виды рака [1−3]. Последние исследования значительно изменили стандартные представления о патогенезе многих заболеваний и стали важным стимулом к углубленному изучению микробиоты человека. Этому также способствовало развитие новых молекулярно-генетических технологий, позволяющих идентифицировать многочисленные виды бактерий, не поддающиеся культивированию. Согласно данным Национального института здоровья США, только 10 % клеток, которые входят в состав человеческого организма, являются собственно человеческими клетками. Остальные 90 % принадлежат бактериям, населяющим различные биотопы человека [4]. Таким образом, homo sapiens может быть описан как «суперорганизм», в котором сосуществует большое количество различных организмов [5].
В 2008 г. был запущен глобальный проект «Микробиом человека»; (НМР), ставивший своей целью расшифровку генома бактерий, населяющих организм человека. Термин «микробиом» был впервые внедрен в 2001 г. для обозначения коллективных геномов микробиоты.
Расшифровкой генома бактерий, населяющих ЖКТ, занимается европейский консорциум MetaHIT. Уже расшифровано около 3 млн генов, что примерно в 150 раз больше набора генов человека. Результаты проекта позволят производить дальнейшие исследования взаимосвязей этих генов, состояния здоровья человека, развития заболеваний и его фенотипа [6]. В 2010 г. в исследование метагенома человека также активно включились российские ученые. По версии журнала Science, расшифровка метагенома человека входит в число величайших научных открытий последнего десятилетия. Внедрение новейших методов молекулярно-генетического анализа микробной популяции существенно расширило наше представление о составе и функциях кишечной микроэкологии.