Владимир Иванович с 1999 года является ректором одного из старейших вузов на юге России — Ставропольского государственного аграрного университета, готовящего высококвалифицированных специалистов для аграрного сектора экономики России, а также осуществляющего профессиональную переподготовку руководителей всех категорий субъектов экономической деятельности.
Под руководством В.И. Трухачева в университете созданы 85 инновационных структурных подразделений, лабораторий и центров, 26 научных школ и 15 направлений, четыре открытых спортивных объекта, три теплицы, два вивария, учебно-научный производственный комплекс по выращиванию и переработке сельскохозяйственного сырья, учебно-опытное хозяйство площадью 9500 га.
В вузе на девяти факультетах обучаются более 15 тыс. человек по 104 программам высшего образования и 456 программам дополнительного профессионального образования. За последние три года университетом подготовлено 8786 специалистов для агропромышленного комплекса России. Трудоустройство выпускников — 70% (при нормативе Министерства образования и науки Российской Федерации 50%).
В университете эффективно работают четыре диссертационных совета, принимающие к защите диссертационные работы по 11 направлениям. За последние пять лет в университете защищены 64 диссертационные работы, 12 из которых — на соискание ученой степени доктора наук.
Особое внимание В.И. Трухачевым уделяется международному сотрудничеству. Стратегическими партнерами вуза являются 136 отечественных и зарубежных организаций, учреждений и ведомств. За 2014–2016 годы и I квартал 2017 года по инициативе Владимира Ивановича университет принял участие в 56 международных программах и проектах, реализуется 35 международных договоров и соглашений с зарубежными партнерами (Италия, Швейцария, Нидерланды, Швеция и др.). За последние три года зарубежную стажировку прошли 398 преподавателей, а обучение и практику за рубежом — 1860 студентов и аспирантов. В 2015 году Владимир Иванович принят в Оксфордский академический союз и в Клуб ректоров Европы с включением его в международный реестр «Выдающиеся ученые мира».