Противостояние между «Диссернетом», действующим совместно с комиссиями РАН по противодействию фальсификации научных исследований и по борьбе со лженаукой, и ВАК, действующей совместно с поддерживающими её госучреждениями и отдельными заинтересованными лицами, в последнее время явно вступило в решающую фазу. До момента ротации членов ВАК в мае 2019 г. взаимоотношения ВАК и «Диссернета» носили рутинный характер. Именно ВАК обычно удовлетворяла заявления «Диссернета» о лишении учёной степени (ЗОЛУС) лиц, в диссертациях которых имелся плагиат. Но только если эти лица были работниками нижнего уровня — преподавателями, доцентами, заведующими кафедрами и т.д. Однако ВАК отказывалась удовлетворять золусы против лиц — работников верхнего уровня: ректоров вузов, директоров НИИ, других высокопоставленных чиновников, особенно если их диссертации были изготовлены на «диссеродельных» фабриках, связанных с соответствующими экспертными советами при ВАК. А уж когда речь шла о персонах, входящих в «государственную обойму» (министры, депутаты ГД и СФ, генералы и т.д.), ВАК всегда вставала стеной на их защиту («своих не сдаём!»).
Однако после ротации членов ВАК в мае 2019 г. ситуация стала меняться. Представители «Диссернета» и научной общественности обвинили ВАК и лично её председателя В.М. Филиппова в нарушении Положения о ВАК (конкретно — запрета члену ВАК занимать своё место более двух сроков подряд). Был даже подан соответствующий иск в Верховный Суд РФ (который тут же был отвергнут). Правительство в лице Минобрнауки, по-видимому, расценило эти действия как выходящие за пределы академической сферы и угрожающие лично им и высокопоставленным членам ВАК. Эта опасность была более серьёзной, чем вызванная прежними разоблачениями «Диссернетом» плагиаторов и диссероделов.
В июле 2019 г. произошло ещё более серьёзное событие: в процессе скандальных выборов в Московскую городскую Думу случайно выяснилось, что инструментарий, разработанный в «Диссернете» для выявления плагиата в науке, успешно работает и за пределами академической сферы. Например, с его помощью можно, сравнив установочные документы политических партий, определить отношения соподчинённости между ними. А в ноябре 2019 г., во время очередных выборов новых членов РАН, доклад о злоупотреблениях в науке, подготовленный комиссиями РАН по противодействию фальсификации научных исследований и по борьбе со лженаукой на основе данных «Диссернета», позволил не пропустить в РАН большое число недостойных кандидатов, запятнавших себя серьёзными нарушениями научной этики. Таким образом, расследования «Диссернета» оказались не просто средством информирования научной общественности о злоупотреблениях в науке, но и действенным средством борьбы с этими злоупотреблениями. Деятельность «Диссернета», поддерживающих его структур и отдельных лиц в РАН стала опасной для высших чиновников ВАК и высокопоставленных управленцев, рвущихся в РАН без должных на то оснований. В прессе развернулась кампания по дискредитации сообщества «Диссернет», а также председателей комиссий РАН по противодействию фальсификации научных исследований и по борьбе со лженаукой — академиков В.А. Васильева, Е.Б. Александрова и вице-президента РАН А.Р. Хохлова, курирующего работу этих комиссий. В этой кампании использовались грязные средства, такие как, например, конспирологическая болтовня про «агентов влияния», обвинения в развале отечественной науки путём стимулирования «утечки мозгов» и т.д.