В 2022 году было принято решение о проведении противоаварийных и реставрационных работ, а также о музеефикации башни и примыкающих к ней помещений надвратного храма и пристроя.
Важной частью экспозиции является история самой Спасской башни. Экспозиция рассказывает, как она менялась, как достраивались ярусы, а также когда появились знаменитые часы и звезда.
Два первых яруса Спасской башни были построены во второй половине 16 века псковскими мастерами-каменщиками под руководством знаменитого русского «церковного и городового мастера» Постника Яковлева. В то время башня представляла собой невысокое двухъярусное четырехугольное помещение, которое имело высокую деревянную крышу, а также ряд стрельниц или бойниц, некоторые из которые сохранились до сегодняшних дней. Она была сложена из известковых блоков. Башня неоднократно горела и перестраивалась. Во время одной из перестроек 17 века она была дополнена двумя верхними ярусами-восьмериками и шатровым навершием. Для этого часть второго яруса была перестроена в кирпиче, по углам были сделаны круглые арочки, на которые ставился восьмерик. Если изначально высота башни составляла 14 метров, то после обновления она стала намного выше — 46 метров. В звоннице Спасской башни располагался набатный колокол, который оповещал горожан о пожарах.
На шпиле Спасской башни с 18 века до 1917 года располагался двуглавый орел, символ Российской империи. В советские годы до середины 20 века там был серп и молот. А с 1963 года на шпиле Спасской башни появилась звезда, которая находится там по сегодняшний день.
Элементы облицовки звезды, которая до начала ремонтных работ в 2022 году находилась на шпиле Спасской башни, представлены в музее. Прежнюю облицовку демонтировали, и наиболее сохранившиеся элементы доступны для просмотра. Это позволяет представить масштаб звезды и оценить размах ее лучей, который составляет 2,7 м.
Большое внимание уделено зондажам, которые можно увидеть с внешней стороны башни — в проезде, или арке. Внутри музея показаны вскрытые реставрацией лестницы, зондажи на стенах. Один из самых крупных «экспонатов» — северная стена древнего надвратного храма, единственная, которая сохранилась с 16 века до наших дней. Она расчищена от поздних напластований и демонстрирует разновременную кладку, а также этапы перестроек, которые проходили с этим зданием. Можно рассмотреть известковые блоки 16 века и кирпичи 17–19 веков, которые использовались для перестроек. Там же видны и заложенные окна.