Применение современных методик компьютерного моделирования позволяет существенно уменьшить продолжительность разработки лекарственных средств и значительно снизить финансовые затраты. Интересными являются результаты исследования компьютерного моделирования потенциальных препаратов против ВИЧ-1. Особое внимание уделяется химическим соединениям, способным воздействовать на ранние этапы жизненного цикла ВИЧ-1: при помощи таких веществ возможно создать препятствие для проникновения вируса в клетки, что является перспективой для разработки действенных лекарственных средств нового поколения.
Одним из таких веществ является деацилированный аналог β-галактозилцерамида (β-галактозилсфингозин). Он был сконструирован при помощи методов молекулярного моделирования, а затем синтезирован и проверен на анти-ВИЧ-активность в РНПЦ эпидемиологии и микробиологии. Данное вещество образуется в ходе щелочного гидролиза цереброзидов с сохранением природной конфигурации. Испытания этого соединения показали, что полученный аналог β-галактозилцерамида обладает ВИЧ-ингибирующими свойствами, благодаря чему представляет собой перспективную базовую структуру для получения его более действенных модифицированных форм. Величина химиотерапевтического индекса, или отношения максимума переносимой концентрации к минимуму активной концентрации вещества, составляет 40,0, что подтверждает достаточно высокую степень анти-ВИЧактивности соединения.
В ходе последующих исследований было сконструировано 12 производных данной молекулы. При этом оценка их нейтрализующего действия была проведена в ходе компьютерных экспериментов. Данные работы включали последовательные этапы:
1. Конструирование производных β-галактозилцерамида, которые содержат разные заместители жирной кислоты по аминогруппе агликона. Последующий квантово-химический расчет их трехмерной структуры.
2. Молекулярный докинг структурных комплексов гликолипидов с белком gp 120 ВИЧ-1. Оценка вероятных межмолекулярных взаимодействий, отвечающих за их энергетическую стабильность.