Экономическая безопасность хозяйствующего субъекта зависит от многих влияющих внешних и внутренних факторов, но когда речь идет о межорганизационной структуре, то число этих факторов значительно увеличиваются. Однако преимуществом межорганизационного сотрудничества является достижение синергетического эффекта. Иными словами, несмотря на рост факторов, влияющих на систему экономической безопасности хозяйствующих субъектов, результат партнерства — это достижение дополнительных преимуществ, которые значительно превышают суммарные индивидуальные достижения членов межорганизационного сотрудничества. Сложность оценки эффективности бизнес-сотрудничества заключается в несоизмеримости некоторых показателей, степени их влияния на деятельность партнеров, чем обусловлена необходимость создания универсальной системы межорганизационного аналитического инструмента анализа экономической эффективности. Расчет интегральных показателей или коэффициентов не позволяет отразить всю специфику межорганизационного сотрудничества, поэтому в основе анализа целесообразно положить комплексную систему показателей. Наиболее наглядно такую систему позволяют представить матричные методы.
Межорганизационные отношения можно рассматривать с разных точек зрения. С одной стороны, это первичные взаимосвязи или взаимодействия между самими субъектами межорганизационного взаимодействия, а с другой стороны, вторичные — это взаимодействие участников межорганизационного сотрудничества с третьими лицами.
Среди инструментов обеспечения экономической безопасности хозяйствующего субъекта в контексте межорганизационного сотрудничества рационализация системы отчетности управленческого учета сельскохозяйственных товаропроизводителей является одной из стратегических целей современного экономического субъекта. Существующие методы и подходы по оценке эффективности производственных процессов и эффективности задействованных в ней затрат не отвечают требованиям развития новых форм межорганизационного взаимодействия компаний сельского хозяйства.