Представителей породы шипперке часто называют фламандцами, ведь выведены они были во Фламандском регионе Бельгии. В состав региона входят пять провинций: Антверпен, Восточная Фландрия, Западная Фландрия, Лимбург, Фламандский Брабант.
Ближайшими предками фламандцев являются бельгийские овчарки и леувенары — исчезнувшая порода небольших черных собак, в XV столетии разводимая на территории провинции Брабант. Хотя на первый взгляд создается впечатление, что шипперке — родственники шпицев: у них похожие заостренные ушки, а также «воротник» и «штанишки». Но на самом деле у этих пород нет общих генов.
Уже к XVII веку шипперке успели прославиться своими способностями к мышеловству и стать востребованными питомцами у бельгийцев. Держать собак, способных дать отпор грызунам, горожан вынуждала суровая реальность: во время разлива Сенны полчища крыс атаковали дома и продуктовые запасы жителей. Особенно уважали маленьких овчарок брюссельские ремесленники и моряки.
Появляться на выставках шипперке начали с 1882 года, тогда же этими животными заинтересовалась королева Мария Генриетта. Бельгийская правительница приобрела щенка-фламандца, что побудило местную знать обзавестись точно такими же питомцами. А проникнуть за рубеж у породы получилось только спустя пять лет после официального экспонирования. Так о потомках леувенаров узнали сначала в Европе и США.
В 1888 году начал свою деятельность бельгийский племенной клуб шипперке, а порода получила отдельный стандарт внешности. Однако в разных регионах экстерьер этих овчарок мог отличаться, поэтому первое время шипперке разделялись по месту происхождения: из Брюсселя, Антверпена и Лувена.
В России разведением шипперке занялись сравнительно недавно. В начале 2000-х годов встретить представителей этой породы можно было только у племенных специалистов, а о том, чтобы купить щенка, не обращаясь в зарубежные питомники, речи вообще не шло. Кстати, большинство сегодняшних российских шипперке ведут свои родословные от американских производителей, которые несколько тяжелее и массивнее бельгийских сородичей.