Происхождение шартреза пока так и не выяснено. Большинство фелинологов связывают его с религиозной Францией XVI века. Вероятнее всего, животные очутились в стране благодаря торговым судам, которые привозили товар с территории Африканского континента. Еще одна версия связывает шартрезов с Испанией — главным экспортером шерстяной ткани, имеющей созвучное название. Наименее распространенная теория связывает происхождение кошек с Малой Азией, откуда животные могли прийти вместе с крестоносцами.
В XVI веке на территории Франции господствовал орден картезианцев. Его главная обитель расположилась на юго-востоке страны. Едва ли не основным источником дохода картезианцев было производство шартреза — ликера на диких травах. Поскольку грызуны уничтожали ингредиенты напитка и зерновые запасы, монахи нуждались в четвероногих охотниках.
Выбор пал на короткошерстных голубых кошек. Они отличались безукоризненными инстинктами и ловкостью. Вдобавок животные практически не мяукали и не отвлекали монахов от службы. Картезианцы разводили кошек и по негуманным причинам: ради мяса. Такое потребительское отношение к животным продолжалось до второй половины XVII века. Орден картезианцев постепенно терял свое влияние.
После краха картезианского ордена шартрезы постепенно перекочевали в семьи французов. Во время Первой мировой войны численность животных резко сократилась. Порода оказалась на грани вымирания, и ценители короткошерстных красавцев решили действовать. На основании исторических и литературных источников был сформулирован первый стандарт породы. К разведению допускались только те животные, которые полностью соответствовали заявленным критериям.
Настойчивость селекционеров оправдала себя: в 1931 году чистокровные шартрезы впервые появились на выставке кошек во Франции. Спустя восемь лет появился официально закрепленный стандарт породы. Однако за ошеломительным успехом последовал очередной кризис. Вторая мировая война способствовала массовому исчезновению кошек по всей Европе. Не стали исключением и шартрезы. К середине XX века их численность была крайне мала.