Сергей Викторович Шабунин С. В. родился 2 октября 1960 г. в Мурманске.
После окончания в 1984 г. ветеринарного факультета Воронежского сельскохозяйственного института им. К. Д. Глинки он работал ветеринарным врачом на производстве. В 1984–1987 гг. учился в аспирантуре при Всесоюзном научно-исследовательском институте незаразных болезней животных (в настоящее время – ВНИВИПФиТ).
В этом авторитетном научном учреждении Сергей Викторович прошел достойный уважения путь от научного сотрудника до директора института, академика Российской академии наук. Некоторое время (1992–1999) он руководил научно-производственным предприятием «Агрофарм».
В 1987 г. С. В. Шабунин стал кандидатом биологических наук, в 1999 – доктором ветеринарных наук, в 2001 – профессором, с 2010 – член-корреспондент РАСХН, 2012 г. – академик РАСХН и с 2013 г. академик РАН.
С мая 2005 г. по настоящее время работает директором Всероссийского научно-исследовательского ветеринарного института патологии, фармакологии и терапии.
Научно-педагогический стаж ученого — 31 год. С. В. Шабунин автор 276 научных работ, в том числе 40 авторских свидетельств и патентов на изобретения, 9 монографий.
Являясь руководителем государственной и отраслевой тематик, он умело сочетает глубокие исследования с внедрением их результатов в практику.
С. В. Шабунин — основоположник нового направления в ветеринарной фармакологии — криофармакологии. Им разработаны основы получения новых субстанций из биологических тканей путем их криофракционирования. Созданы лекарственные формы ветеринарных препаратов с использованием веществ нового класса — мембранопротекторов, полученных методом хладоновой экстракции. Проведены комплексные доклинические научные исследования и клинические испытания новых лекарственных криофармацевтических средств для ветеринарии, нормативно-техническая документация для которых утверждена на федеральном уровне в Россельхознадзоре РФ.
Важным практическим итогом фундаментальных и прикладных исследований академика С. В. Шабунина за 31 год его научной деятельности являются более 120 проектов нормативно-технической документации, утвержденных Главным управлением ветеринарии Госагропрома СССР, Департаментом ветеринарии Минсельхозпрода России, Россельхознадзором России и нашедших широкое использование в ветеринарной практике в качестве импортозамещающих ветеринарных лекарственных средств. По данным Российской ветеринарной ассоциации, импортозамещение в практической ветеринарии Российской Федерации на основании разработок С. В. Шабунина составило 10 млрд руб.