При реализации федеральных целевых программ на региональном уровне возникает ряд проблем, связанных с возможностями отдельных субъектов РФ по финансированию бюджетных расходов. В связи с необходимостью их решения выделяются следующие направления совершенствования программно-целевых методов государственного регулирования экономики:
— определение возможностей финансирования мероприятий за счет собственных источников средств субъектов Федерации (т. е. по статьям текущих расходов или в рамках региональных целевых программ);
— определение сумм, которые должны быть привлечены за счет каждого из источников (средств федерального и региональных бюджетов и внебюджетных средств);
— полное, своевременное и регулярное финансирование расходов федеральных целевых программ;
— целевое, полное и адресное использование средств из всех источников, выделяемых на реализацию целевых программ;
— совершенствование структуры программных расходов.
Одной из наиболее острых является проблема наличия у регионов собственных источников для финансирования программных мероприятий. Она связана, в первую очередь, с общей дефицитностью большинства территориальных бюджетов. Другой причиной является иждивенческий подход органов власти некоторых регионов к получению бюджетных ассигнований из федерального бюджета.
С одной стороны, привлечение дополнительных сумм финансирования вне зависимости от источника — это всегда положительный фактор. С другой стороны, зачастую имеет место не прирост финансирования, а лишь перераспределение полномочий по расходам между бюджетами. В этом случае привлечение средств Фонда финансовой поддержки регионов, других бюджетных фондов, а также средств внебюджетных источников в регионах нивелируется снижением финансирования собственно программной части их бюджетов.
Некоторые российские экономисты полагают, что бюджетные средства должны стать не столько источником финансирования программных расходов, сколько стимулом для заинтересованных учреждений и организаций при вложении средств в бюджетные (в первую очередь — инвестиционные) проекты. Так, в докладах Минэкономразвития России, посвященных итогам реализации ФЦП, ежегодно указывается не просто объем средств, привлеченных из внебюджетных источников, но и их соотношение со средствами федерального бюджета. Причем такое соотношение считается одним из критериев, характеризующим «значимость средств федерального бюджета как катализатора привлечения средств из других источников для финансирования федеральных программ».