Новым этапом развития музеев Узбекистана можно назвать период и 1991 года, когда музеи претерпели значительные экономические и социальные преобразования. После обретения Республики Узбекистан независимости произошел ряд важных изменений на разных уровнях существования общества, появились новые виды общественных отношений. Изменилась и роль музеев, возросла их роль как инструмента формирования национального самосознания.
Музеи занимают важное место в духовном развитии и воспитании молодого населения, поэтому их развитию в Узбекистане сегодня уделяют особое значение. В Стратегии действий по пяти приоритетным направлениям развития Республики Узбекистан в 2017–2021 годах одним из пунктов стало положение «О развитии и совершенствовании деятельности музеев, укрепление их материально-технической базы». Для решения этих задач было принято Постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан «Об утверждении программы мер по совершенствованию деятельности и комплексному укреплению материально-технической базы государственных музеев на 2017-2027 годы» от 11 декабря 2017 года № 975.
В Узбекистане сегодня насчитывается более 7,3 тысяч объектов материального и культурного наследия. Всего в музеях страны представлено более 2,5 миллионов артефактов, их возраст варьируется от 1 млн лет до современности. Современные музеи являются не только местом экспонирования столь ценных артефактом, они играют важную роль в сохранении для будущих поколений исторических памятников. Экспозиции музеев рассказывают об исторических изменениях, о трансформации Узбекистана и его развитии как независимого, суверенного и демократического государства.
На протяжении последних лет в Республике число музеев стабильно увеличиваются, старые музеи модернизируются, адаптируются под новые реалии. Так, среди самых крупных и активных музеев следует выделить Государственный музей истории Тимуридов, Государственный музей истории Узбекистана, Джизакский исторический музей, Государственный музей искусств имени И.В. Савицкого, Термезский археологический музей, Мемориальный музей Абдурауфа Фитрата, дом-музей Файзуллы Ходжаева и пр. Регулярно проводятся стационарные выставки, открываются новые тематические филиалы, рассказывающие о культуре и быте древних предков современного узбекского народа, об истории, культуре, государственности Узбекистана на протяжении нескольких тысячелетий.