Одной из важнейших задач, которые стоят перед таможенными органами любого государства, является создание максимально благоприятных условий для перемещения товаров через границу. С учетом принятых Президентом Российской Федерации и Правительством РФ решений таможенная служба в рамках своей компетенции обеспечивает выполнение этой задачи. Целью проводимых мероприятий является ускорение перемещения товаров через государственную границу за счет оптимизации контроля в пунктах пропуска, в том числе путем перераспределения отдельных функций и возложения полномочий на таможенную службу. Как известно, в пунктах пропуска кроме таможенного и пограничного контроля осуществляется еще семь иных видов государственного контроля: транспортный, карантинный фитосанитарный, ветеринарный, санитарно- карантинный контроль, контроль в области безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, контроль в области обеспечения качества и безопасности зерна и продуктов переработки зерна, контроль в области семеноводства в отношении семян сельскохозяйственных растений.
Важнейшим направлением в совершенствовании государственного контроля в пунктах пропуска является реализация т. н. принципа «два органа на границе», когда должностные лица пограничных органов проводят паспортный контроль, а сотрудники таможенных органов — все остальные контрольные операции. Работа по реализации данной концепции началась с 2010 г., когда на первом этапе таможенным органам были переданы все полномочия по проведению транспортного контроля, в части санитарно-карантинного, карантинного фитосанитарного и ветеринарного контроля на таможенные органы были возложены функции по проверке документов. С 2015 г. в пунктах пропуска свободного порта Владивосток таможенные органы полноценно осуществляют санитарно-карантинный, карантинный фитосанитарный и ветеринарный контроль. В последующем такие полномочия были переданы таможенным органам, которые расположены в пунктах пропуска Арктической зоны Российской Федерации. При этом в пунктах пропуска, расположенных на указанных территориях, осуществляется первичный контроль, и для завершения фактического контроля товары направляются в специально оборудованные и оснащенные места для проверки со стороны Россельхознадзора и Роспотребнадзора. С 2019 по 2022 г. в трех пунктах пропуска — Шумилкино, Вяртсиля и Яраг-Казмаляр — был проведен эксперимент и сотрудниками таможенных органов проводился как документальный, так и фактический контроль с осмотром товаров и транспортных средств и с составлением соответствующих актов. С учетом положительных результатов эксперимента проведена большая работа по подготовке нормативно-правовой базы для расширения указанной практики. Были подготовлены изменения в федеральные законы для наделения полномочиями Правительства РФ по определению пунктов пропуска, в которых допускается проведение иных видов контроля сотрудниками таможенных органов. Кроме того, внесены изменения в ряд актов Правительства РФ, в соответствии с которыми определяются правила осуществления иных видов контроля. Издано распоряжение Правительства РФ от 20 мая 2025 г. № 1255-р, определяющее перечень пунктов пропуска, в которых таможенными органами осуществляются полномочия по проведению иных видов контроля. В указанный перечень вошло 13 пунктов пропуска. В целях подготовки таможенных органов к передаче полномочий в указанных пунктах пропуска проведены и реализованы следующие мероприятия: организовано и проведено обучение должностных лиц таможенных органов порядку осуществления иных видов контроля, обеспечена закупка материальнотехнических средств, в том числе необходимых штампов, совместно с Россельхознадзором и Роспотребнадзором проведена доработка ведомственных программных средств в целях информационного взаимодействия при проведении контроля таможенными органами.