Аральское море расположено в пустынной зоне Средней Азии — в Туранской низменности, у восточной кромки плато Устюрт, на территории Казахстана и Узбекистана. В Арал впадают только две реки — Сырдарья на северо-востоке и Амударья на юге. Площадь бассейна Аральского моря в 1960 году составляла около 1,5 млн км2. До начала современной регрессии Аральское море по площади своего водного зеркала было третьим-четвертым в мире континентальным водоемом, уступая только Каспийскому морю и Великим Американским озерам. До 1960 года уровень Арала держался на отметке +53,4 м абс., его площадь достигала 67 499 км2 при объеме 1089 км3 и средней глубине 16,1 м. Площадь Большого Арала достигала 61 381 км2 при объеме 1007 км3. Площадь Малого Арала была 6118 км2 при объеме 82 км3. Большой Арал превосходил Малый Арал (и по площади, и по объему) примерно в 10 раз. Средняя соленость Арала составляла 10,3‰ [4].
Котловина, которую занимает Аральское море, включает две основные части: меньшую северную — Малое море, или Малый Арал, и большую южную — Большое море, или Большой Арал. Их разделял тянущийся в широтном направлении остров Кокарал и соединяли проливы Берга и Аузы-Кокарал.
Аральское море оставалось условно стабильным до 1961 года, когда испарение стало превышать сумму приходных составляющих водного баланса. В результате с 1961 года уровень моря начал устойчиво снижаться. При этом природный фактор (естественное снижение водности рек) дал только 23% падения уровня, тогда как оставшиеся 77% были результатом снижения речного стока вследствие все увеличивавшихся объемов безвозвратного изъятия воды, в первую очередь на орошение [4].
Во второй половине 1980-х годов сток Амударьи практически отсутствовал, и море фактически питали только воды Сырдарьи. Поступление воды за счет речного стока и осадков в Малый Арал превышало испарение, и, пока море оставалось единым водоемом, избыток воды беспрепятственно поступал через пролив Берга в Большой Арал. К 1988–1989 годам уровень моря снизился на 13 м, до отметки +40 м абс. В результате пересох пролив Берга, соединявший Малый и Большой Арал.