П.Ф. Шмаков родился 30 мая 1936 г. в д. Кумыра Тюкалинского района Омской области. Окончив в 1954 г. Тюкалинскую среднюю школу, он поступил учиться в Омский сельскохозяйственный институт имени С.М. Кирова на зоотехнический факультет. По окончании в 1959 г. института был направлен на работу главным зоотехником Нагибинского совхоза Тюкалинского района Омской области, где проработал до мая 1963 г.
Для продолжения образования и углубленной подготовки Петр Фокеевич в апреле 1963 г. успешно сдал вступительные экзамены и был зачислен в очную аспирантуру ОмСХИ. Научным руководителем был назначен Ф.М. Кохомский – доцент, заведующий кафедрой кормления с.-х. животных, Герой Социалистического Труда, заслуженный зоотехник РСФСР.
В марте 1964 г. для укрепления кадрового состава и улучшения работы в животноводстве П.Ф. Шмаков был направлен на работу главным зоотехником в учхоз 2 ОмСХИ (с. Харламово, Таврический район). В октябре 1967 г. Петр Фокеевич успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата с.-х. наук, в январе 1989 г. он успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора с.-х. наук в диссертационном совете Ленинградского СХИ. В январе 1996 г. профессор П.Ф. Шмаков был избран действительным членом (академиком) Международной академии аграрного образования (г. Москва). В марте 2003 г. решением ученого совета Омского государственного аграрного университета утверждена научно-педагогическая школа «Кормление сельскохозяйственных животных» под руководством профессора П.Ф. Шмакова. С 2007 г. Петр Фокеевич – член редколлегии журнала «Кормление сельскохозяйственных животных и кормопроизводство» (г. Москва).
С марта 1967 г. его педагогическая, научная, воспитательная, методическая, общественная работа связана с родным институтом и университетом: с апреля 1970 г. – доцент и декан факультета, с июля 1982 г. – заведующий кафедрой кормления с.-х. животных, а с сентября 2000 г. и по настоящее время – профессор кафедры Омского ГАУ.
П.Ф. Шмаков является ученым и специалистом в области кормления сельскохозяйственных животных и технологии кормов. За время работы им опубликовано более 370 учебных, учебно-методических и научных работ, многие из которых являются настольным руководством у специалистов АПК и студентов сельскохозяйственных вузов.