Основные проблемы рационального водопользования можно разделить на социальные, экономические и экологические. Эти проблемы настолько переплетены, что между ними трудно дифференцировать. Интенсивность проявления отдельных проблем зависит от природно-климатических особенностей региона, характера деловой активности и плотности населения.
Социальные проблемы заключаются в неконтролируемом, необоснованном расходовании питьевой воды и отсутствии у водопользователей экологического мышления. Хорошо известно, что количество потребляемой воды определяет уровень благосостояния граждан. В целом по России имеются достаточные запасы питьевой воды. С учётом этого факта, а также относительной дешевизны питьевой воды у граждан возникла иллюзия безграничности ее запасов. Эту иллюзию создают и некоторые нормативные документы. Например, в России до сих пор действуют завышенные нормы расхода питьевой воды на человека около 200–300 л/сут и существуют рекомендации использовать питьевую воду для многих технических целей.
Некоторые оценки показывают, что в общем балансе расхода воды в сельском благоустроенном доме, составляющем без учёта воды на полив растений в среднем 147 л/сут, как минимум третья часть идёт на технические цели. Если к этой части воды прибавить ещё 200 л/ сут рекомендуемые для полива участка, то окажется, что на технические цели будет использовано 2/3 всей воды, что явно расточительно.
С другой стороны значительная часть РФ с экологической точки зрения благополучна. Отсутствие постоянной экологической угрозы провоцирует экологическую несознательность граждан, а существование обширных неосвоенных человеком территорий поддерживает иллюзию безграничности природного водного ресурса и на практике приводит в недооценке процессов загрязнения естественных водоёмов и почвенно-растительного комплекса, а также переоценке возможностей естественных процессов самоочищения.
Игнорирование социальных проблем водоснабжения и канализации в свою очередь порождает санитарно-гигиенические проблемы для населения. В частности, в силу высокой плотности городской застройки аварийное попадание стока в сеть водоснабжения способно быстро разнестись по близлежащим кварталам и привести к отравлению большого числа граждан. В малозаселённом районе выброс стока в экосистему способен нарушить ее равновесие и привести к заражению почвы и водоёма.