Курс на массовую приватизацию крупных сельскохозяйственных предприятий привел к становлению мелкокрестьянской структуры хозяйствования в сельском хозяйстве Кыргызстана. Сейчас 97,0% продукции отрасли производят мелкие крестьянские хозяйства и личные хозяйства населения. Мелкокрестьянские хозяйства отличаются низкой товарностью и разрушенной структурой агросервиса. В среднем размер землепользования хозяйств составляет 1,2 га.
Малый размер земельных наделов фермеров, низкий уровень консолидации земельных участков создают одну из самых важных проблем в развитии сельского хозяйства. Слабый производственный потенциал является существенным фактором, осложняющим доступ к финансовым ресурсам и, соответственно, доступ к различным приобретаемым на рынке товарам и услугам, которые используются в процессе производства (ГСМ, техника, удобрения, услуги сервисных компаний и т.д.).
Вторая группа проблем связана с недостаточной обеспеченностью сельхозпроизводителей услугами и товарами ирригации, защиты растений и ветеринарии, сохранения и повышения плодородия земель, семеноводства и племенных хозяйств и т.д. Эта группа проблем связана как с недостаточной государственной поддержкой соответствующих организаций, так и с неразвитостью рынка этих услуг и товаров. Все это препятствует росту продуктивности растениеводства и животноводства.
Третьей группой проблем сельхозпроизводителей является сбыт произведенной продукции. Фермеры несут существенные потери при реализации своей продукции из-за незнания спроса и предложения на рынке, а также нехватки хранилищ. Они нередко сбывают свою продукцию по минимальным ценам посредническим компаниям. Это не только лишает хозяйства финансовых ресурсов для развития, но также экономических мотивов наращивания объемов производства.
Развитие рыночных отношений в аграрном секторе Кыргызстана в ходе его реформирования неизбежно поставило вопрос об ускоренном развитии сельскохозяйственной кооперации. Поэтому в нынешних условиях деятельности сельских товаропроизводителей, ограниченности у них необходимых материально-технических и финансовых ресурсов путь к стабилизации в этой важнейшей сфере экономики лежит через возрождение и развитие сельскохозяйственной кооперации как горизонтального, так и особенно вертикального типа.