Отдел контроля электронных платежей занимается контролем за правильностью и своевременностью отражения на лицевых счетах операций по поступлению и расходованию денежных средств. На сегодняшний момент все денежные средства, поступающие на лицевой счет, имеют статус авансовых платежей и могут использоваться на уплату таможенных платежей, начисленных по декларациям на товары, таможенным приходным ордерам, а также в качестве денежного залога. Еще отдел непосредственно занимается контролем и возвратом излишне уплаченных и взысканных сумм таможенных пошлин и налогов. Под излишне уплаченными или взысканными таможенными пошлинами, налогами подразумевается разница между фактически уплаченными таможенными пошлинами, налогами и таможенными пошлинами, налогами, которые должны быть оплачены в соответствии с законодательством. Одним из оснований для осуществления возврата излишне взысканных (уплаченных) таможенных платежей является решение судебной инстанции.
Некоторое недопонимание между участниками ВЭД и таможенными органами возникает при реализации решений суда, содержащих следующую формулировку: «устранить допущенные нарушения прав и законных интересов общества путем возврата излишне взысканных сумм таможенных платежей (рублей) в установленные законом порядке и сроки». На основании такого вступившего в силу решения суда возврат осуществляется только в форме их зачета на лицевой счет. Данная норма предусмотрена пунктом 3 статьи 67 Федерального закона от 26.06.2018 № 289-ФЗ. Также только в форме зачета осуществляется возврат излишне уплаченных (взысканных) таможенных платежей, возникших в результате проведения той или иной формы таможенного контроля (например, проверка документов и сведений, камеральная таможенная проверка). Дальнейший возврат денежных средств на расчетные счета, открытые в кредитных организациях, осуществляется только по заявлению плательщика. Возврат излишне уплаченных (взысканных) сумм таможенных платежей на расчетный счет, открытый в кредитной организации, без подачи заявления о возврате возможен только в случае прямого указания в резолютивной части решения суда необходимости осуществления возврата на расчетный счет плательщика с указанием реквизитов.