С начала 2018 г. все участники таможенной сферы работают в условиях таможенного кодекса ЕАЭС. Ряд положений и нововведений кодекса коснулись таможенного контроля вообще и в частности контроля таможенной стоимости. В соответствии с ТК ЕАЭС таможенный контроль представляет собой совокупность совершаемых таможенными органами действий, направленных на проверку соблюдения международных договоров и актов в сфере таможенного регулирования и законодательства государств-членов о таможенном регулировании. Основная цель таможенного контроля заключается в определении с помощью различного рода проверок соответствия проводимых участниками таможенно-правовых отношений операций и действий в сфере таможенного дела требованиям норм таможенного законодательства, а также выявление, пресечение и предупреждение совершения нарушений в данной области правового регулирования.
При проведении таможенного контроля таможенные органы исходят из принципа выборочности и ограничиваются теми формами таможенного контроля, которые достаточны для обеспечения соблюдения таможенного законодательства.
Что касается таможенного контроля таможенной стоимости товаров, при проведении такого рода контроля таможенным органом осуществляется проверка правильности определения и заявления таможенной стоимости товаров (выбора и применения метода определения таможенной стоимости товаров, структуры и величины таможенной стоимости товаров, документального подтверждения сведений о таможенной стоимости товаров). Контроль таможенной стоимости товаров осуществляется с целью проверки соблюдения декларантом требований, установленных правом Союза и законодательством государств — членов Союза в части правильности выбора и применения метода определения таможенной стоимости товаров, ее структуры и величины, а также документального подтверждения заявленной таможенной стоимости товаров. Нормы права Союза предусматривают, что проведение контроля таможенной стоимости товаров, в том числе с использованием СУР, является законодательно установленной обязанностью таможенных органов. При этом правом Союза и законодательством Российской Федерации о таможенном деле не предусмотрена возможность освобождения отдельных лиц от проведения контроля заявленной ими таможенной стоимости товаров в зависимости от того, у кого приобретены ввозимые товары и кем выставлены инвойсы на оплату указанных товаров.