Владимир Иванович с 2019 г. является ректором Российского государственного аграрного университета — МСХА имени К.А. Тимирязева, флагмана отечественного аграрного образования. Он прошел доблестный трудовой путь от старшего ветеринарного врача Госплемзавода «Кубань» Кочубеевского района, инструктора Ставропольского крайкома ВЛКСМ, первого секретаря Грачевского районного комитета ВЛКСМ, секретаря парткома колхоза имени Калинина, председателя колхоза имени Чкалова Ставропольского края, заведующего организационным отделом Грачевского районного комитета КПСС Ставропольского края, начальника Управления сельского хозяйства, первого заместителя главы администрации Грачевского района Ставропольского края, генерального директора АО «Маслосыродельный завод «Кугультинский» Ставропольского края, главы Грачевской районной государственной администрации Ставропольского края до ректора Ставропольского государственного аграрного университета, который возглавлял более 20 лет.
Под руководством Трухачева В.И. Ставропольским ГАУ были достигнуты впечатляющие результаты: созданы 85 инновационных структурных подразделений, лабораторий и центров, 26 научных школ и 15 направлений, 4 открытых спортивных объекта, 3 теплицы, 2 вивария, Учебно-научный производственный комплекс по выращиванию и переработке сельскохозяйственного сырья, учебно-опытное хозяйство площадью 9,5 тыс. га. Количество студентов в СтГАУ за последние 20 лет возросло до 15 тыс. человек, обучающихся по 104 программам высшего образования и 456 программам дополнительного профессионального образования. В университете было создано 4 диссертационных совета по 11 научным специальностям, в которых за последние пять лет защищено 64 диссертации, в том числе 12 на соискание ученой степени доктора наук. По инициативе Владимира Ивановича СтГАУ за последние пять лет принял участие в 56 международных программах и проектах, реализуемых в развитие 35 международных договоров и соглашений с зарубежными партнерами вуза (Италии, Швейцарии, Нидерландов, Швеции и др.).