Среди многочисленных методов интенсификации прудового рыбоводства особое внимание заслуживает удобрение прудов органическими и минеральными удобрениями, особенно при совместном выращивании карпа и растительноядных рыб. Удобрение рыбоводных прудов является одним из факторов повышения рыбопродуктивности и улучшения гидрохимического режима. Рост рыбопродуктивности при интенсивном способе выращивания рыбы (20–25 ц/га) в значительной мере зависит от применения удобрений, способствующих увеличению в прудах естественной пищи.
Рациональное внесение удобрений с учетом гидрохимического состава воды прудов и источников водоснабжения, характера иловых отложений и трофности позволяет создать оптимальные условия, повысить рыбопродуктивность и избежать заморных явлений в прудах. Удобрения в прудовом рыбоводстве используют не только для повышения кормности водоема, но и для улучшения газового и общего режима водной среды. Внесением удобрений достигается улучшение питательной среды для микрофлоры в виде бактерий и низших водных растений, которые служат пищей для зоопланктона и бентоса, являющихся, в свою очередь, пищей для выращиваемых рыб.
Эффективность удобрения прудов зависит от температуры воды, активной реакции (рН), кислородного режима, почвы, илистых отложений, технического состояния водоема. Так, например, значительные повышения и понижения температуры замедляют или даже прекращают действие. Понижение температуры водные организмы переносят сравнительно легко, а ее повышение вызывают их отмирание.
Плодородие как свойство пруда определяется прежде всего запасами основных элементов пищи водных растений; так, в илистых отложениях находится в два раза больше азота и в четыре раза больше фосфора, чем в навозе. Слой ила в 10 см одного гектара пруда содержит 0,5–0,6 т фосфора и 2–2,5 т азота. В пересчете на действующее начало это равнозначно 6 т суперфосфата и такому же количеству аммиачной селитры. Если бы весь азот и фосфор илистых отложений мог участвовать в биологическом круговороте, то запасов биогенов в этом слое хватило бы на пятьдесят лет эксплуатации пруда при рыбопродуктивности 20 ц/га. Однако в биологическом круговороте находится лишь значительная часть азота и фосфора, а остальная находится в виде малоподвижных органических соединений труднорастворимых солей.