В настоящее время практические вопросы стимулируют развитие экономических исследований в области сельскохозяйственного землепользования. Особенно настоятельными в сельскохозяйственном землепользовании представляются следующие проблемы:
1) несовершенство организации оптимального сельскохозяйственного землепользования (системы управления оптимизацией сельскохозяйственного землепользования), отсутствие разработанных Основ земельной политики, региональных и локальных стратегий использования и охраны сельскохозяйственных земель;
2) отсутствие федерального и региональных агентств с инвестиционным земельным фондом;
3) незавершенность земельных преобразований, в том числе наличие у граждан неопределенных в правовом отношении и не выделенных в натуре земельных долей на площади более 100 млн гектаров сельскохозяйственных угодий;
4) деградация продуктивных сельскохозяйственных земель, устойчивая тенденция их ухудшения, принявшая угрожающий характер, бессистемное и бесконтрольное использование и неиспользование пашни и кормовых угодий, приведшее к масштабному истощению почвенного плодородия и выводу из оборота более 27 млн га пашни, в том числе и из-за отсутствия проектов землеустройства с комплексом природоохранных мероприятий, разработка и исполнение которых носит обязательный характер в силу федерального закона «О землеустройстве»;
5) ликвидация института землеустройства — главного инструмента управления земельными ресурсами в сельском хозяйстве, доводящего результаты научных исследований, разработанных научно обоснованных систем земледелия и севооборотов до практического применения на основе разработанных проектов устойчивого развития и землеустройства сельскохозяйственных организаций — документированной основы для рационального (экономически эффективного и экологически безопасного) использования земли;
6) недоступность оформления прав на используемые сельскохозяйственные земли из-за агрессивной кадастровой среды, недокапитализированность по этой причине сельскохозяйственных организаций, отсутствие возможности привлечения заемных средств для развития производства и осуществления сельскохозяйственной деятельности, наличие фактических и потенциальных земельных споров практически у всех землепользователей, порождающих социальную нестабильность сельского населения, неустойчивость землепользования;