В соответствии с принятым Уставом предметом деятельности Профсоюза работников агропромышленного комплекса Российской Федерации является представительство и защита индивидуальных и коллективных социальных, трудовых, профессиональных прав и интересов членов профсоюза, а также коллективных социально-трудовых прав и интересов работников независимо от членства в профсоюзе в случае наделения полномочиями на представительство в установленном порядке. Важное место в деятельности профсоюза отведено проблемам охраны труда в организациях АПК.
Соблюдение законодательства о труде, улучшение условий труда, своевременное прохождение медосмотров, обеспечение спецодеждой и средствами индивидуальной защиты, другие меры по предупреждению несчастных случаев и профессиональных заболеваний на производстве. Это далеко не полный перечень вопросов, которыми занимаются организации Профсоюза работников агропромышленного комплекса Российской Федерации. Вопросы охраны труда по предложению профсоюзных организаций находят отражение в отраслевых региональных соглашениях, коллективных договорах, регулярно рассматриваются в организациях АПК.
К примеру, Ставропольской краевой организацией Профсоюза принята программа по защите прав и интересов трудящихся в области охраны труда и окружающей среды на 2016–2017 гг. Здесь особое внимание уделяется организации общественного контроля. На предприятиях созданы совместные комиссии, избраны уполномоченные лица по охране труда. В штате комитета имеется технический инспектора труда, кроме того утверждены внештатные технические инспектора труда, которые работают в районах.
Красноярская краевая организация Профсоюза реализует социально значимый проект «Организация общественного контроля за соблюдением законодательства о труде, условиями труда и безопасностью рабочих мест работников агропромышленного комплекса Красноярского края». Проект проводится на средства государственной поддержки, выделенные в качестве гранта, и предусматривает обучение работников агропромышленного комплекса края, организацию эффективного общественного контроля за соблюдением законодательства о труде, условий труда и производственной безопасности на рабочих местах, выпуск методических материалов по организации общественного контроля.