Нубийский музей был основан в ответ на международную кампанию по спасению древних нубийских памятников, инициированную ЮНЕСКО по запросу египетского правительства в 1960 году. Работы по созданию Нубийского музея начались в начале 1980-х годов, когда был сформирован комитет, состоящий из специалистов Высшего совета по древностям, египетских университетов и ЮНЕСКО.
Задача проектирования здания была поручена архитектору доктору Махмуду Аль-Хакиму, а дизайн интерьеров музея разработал мексиканский инженер Педро Рамирес Васкес, которому предстояло представить археологическое, историческое, культурное и природное наследие Нубии. Нубийский музей был открыт в 1997 году. Его уникальный архитектурный стиль, облицованный местным песчаником и розовым гранитом, отражает традиционную нубийскую архитектуру. В 2001 году музей был удостоен премии Ага Хана за исламскую архитектуру.
Музей имеет три этажа, на которых выставлены тысячи артефактов, проливающих свет на развитие египетской и нубийской географической, социальной и культурной цивилизации. Главный выставочный зал и диорамы представляют местные традиции и ремёсла Нубии. Помимо выставочных галерей, в музее также есть лекционный зал, библиотека, образовательный отдел, театр и открытый амфитеатр для представления нубийского фольклора.
Сад при музее выполняет функцию музея под открытым небом, в котором представлены часть фатимидского кладбища, пещера с доисторическими наскальными изображениями и водный канал, символизирующий артерию древнеегипетской цивилизации — реку Нил. Система водных каналов демонстрирует связь между рекой и нубийской деревней, окружённой растениями, характерными для древних времён. Реконструкция нубийского дома позволяет заглянуть в повседневную жизнь египтян в Нубии.
Египту, ЮНЕСКО и другим заинтересованным организациям потребовалось более 20 лет, чтобы превратить Нубийский музей в реальность. Это последняя из многих культурных достопримечательностей, которые, как ожидалось, будут ежедневно привлекать тысячи туристов для осмотра богатой коллекции сокровищ Древнего Египта, великолепно представленных в этом лучшем хранилище артефактов в Египте. Многие из этих экспонатов были спасены благодаря усилиям египетских и международных спасательных кампаний, когда десятки нубийских деревень и исторических мест исчезли под водами озера Насер после строительства Асуанской плотины.