Первая попытка создать замену кораблям серии «Союз» была предпринята в 1985 году, тогда были развернуты работы по проекту «Заря», который предполагал производство многоразового транспортного корабля. Руководил работами РКК «Энергия», но из‑за сокращения финансирования в январе 1989 года работы были свернуты. Однако в 1995–1996 годах РКК «Энергия» с Rockwell International и Центром имени Хруничева предложила свои разработки 8‑местного корабля-спасателя на базе «Зари» американскому космическому агентству НАСА. В 1996 году агентство решило, что удобнее использовать корабли «Союз-ТМ». Впоследствии материалы проекта были использованы при создании «Федерации».
Согласно разработанной в РКК «Энергия» концепции развития российской пилотируемой космонавтики на 2006–2030‑е годы, предусматривается поэтапное создание промышленной транспортной космической системы, освоение околоземного пространства, Луны и полеты на Марс.
Главной задачей ставится модернизация КК «Союз» и создание межорбитального буксира «Паром». После 2015 года предполагалось создать национальный, более универсальный корабль, способный совершать полеты как на околоземную орбиту, так и к Луне, в том числе как часть возможного в будущем лунно-посадочного комплекса.
Разработка ПТК НП (пилотируемый транспортный корабль нового поколения) была поручена РКК «Энергия», ракету-носитель для него стало разрабатывать «ЦСКБ-Прогресс». Эскизное проектирование закончили в 2010 году. В 2011 году были показаны первые макеты нового корабля. В 2013 году на «МАКС» были продемонстрированы полноразмерные макеты нового корабля с внутренним интерьером.
По состоянию на май 2015 года РКК «Энергия» завершила разработку эскизного и технического проектов первого этапа и перешла к разработке рабочей документации по созданию корабля первого этапа, предназначенного для осуществления полетов за пределы низких околоземных орбит, в том числе к Луне.
В августе 2015 года был объявлен конкурс на название нового корабля, в котором принимали участие жители России. Новому кораблю было присвоено имя «Федерация». Это первый космический корабль, чье название выбрали путем голосования.