В Военно-медицинском музее России находится более 300 персональных фондов выдающихся деятелей военно-медицинской службы и отечественной медицины в целом. Особое место в нем занимает персональный фонд Николая Ивановича Пирогова (1810–1881) — основоположника военно-полевой хирургии, знаменитого хирурга, анатома, педагога, общественного деятеля. Н.И. Пирогов внес огромный вклад в развитие медицинской службы, его имя известно далеко за пределами нашей страны.
Заслуги этого врача перед отечественной медициной неоценимы, поэтому идея об увековечивании памяти о нем родилась уже через несколько лет после его смерти. В 1891 году было организовано Хирургическое общество Пирогова, а в 1893 году появилась идея о создании персонального музея в Санкт-Петербурге. Для устройства музея было выбрано красивое место на берегу Невы, недалеко от Военно-медицинской академии.
Торжественное открытие музея состоялось 26 октября 1897 года. Над проектом здания работал известный архитектор В.А. Шретер, оно представляло собой целый комплекс различных административных помещений, выставочных залов, хранилищ для музейных предметов. В нем, по задумке организаторов, должны были проводиться медицинские симпозиумы, конференции, съезды, заседания. В скором времени созданный музей превратился в центр медицинской передовой науки Российской империи. Большая роль отводилась формированию мемориальных коллекций, огромный вклад в их комплектование внесли ученики Н.И. Пирогова, его сподвижники и семья.
Музей Н.И. Пирогова к началу ХХ века состоял из пяти отделов. Первый, мемориальный, был посвящен научному и жизненному пути великого русского хирурга. Здесь были представлены его личные документы, вещи, предоставленные родственниками. Во втором зале рассказывалось о вопросах анатомии, в третьем — о достижениях хирургической патологии. В четвертом зале демонстрировалась история развития медицинского инструментария, в том числе в годы работы Н.И. Пирогова на инструментальном заводе. Наконец, в пятом отделе располагались художественные материалы, посвященные развитию хирургии в стране, и личная коллекция иконографии.