Музей призван рассказывать людям об истории православия на Чувашской земле, сохранить памятники духовного просвещения народа. С самого начала (музей был открыт 17 октября 2010 года) в его деятельности проявилась одна из наиболее сильных сторон, которая сохраняется и поныне, — стремление к установлению партнерских отношений с широким кругом специалистов, с различными институциями (в их числе научные организации, государственные и общественные музеи, библиотеки, архивы, центры социальной защиты и реабилитации, учебные учреждения), а также с жителями города и республики. Так, концепция музея была разработана при участии протоиерея Сергия Пушкова и ведущего методиста Национального музея Чувашии Т.Н. Орловой; комплектование фондов проходило при участии Государственного исторического архива, а также благодаря помощи отзывчивых и бескорыстных людей — например, семья прихожан храма пополнила коллекцию церковного музея наперсным крестом XVIII века.
В настоящее время в музее действуют несколько экспозиций, среди которых: «Христианское просвещение Чувашского края» (рассказ об этапах крещения чувашского народа, истории Чебоксарской и Чувашской митрополии, монастырей и храмов в Чувашии); «Завещание Ивана Яковлева» (повествует о сложном пути чувашского мальчика, который благодаря упорному труду и незаурядному таланту смог не только сам получить образование, но и создать систему просвещения родного народа); художественно-историческая экспозиция «Корабль веры» (посвящена 1000-летию преставления равноапостольного князя Владимира и 460-летию начала Христианской миссии в Чувашском крае).
На основе материалов этой экспозиции, научное сопровождение которой подготовлено под руководством кандидата исторических наук Андрея Зарубина, был создан ее передвижной вариант. И в этом проявилось еще одно важнейшее достоинство музея, который стремится выйти за пределы своих стен и привычного круга посетителей, обратившись к возможно большей аудитории. Передвижной проект «Корабль веры» был представлен как экспозиционный компонент на выставке «Заступница града сего» в Чувашском национальном музее, а затем экспонировался в Политехническом институте, в Чувашском институте культуры, Национальной библиотеке, Чувашском государственном университете им. И.Н. Ульянова и Чувашском республиканском институте образования.