История формирования коллекции Киргизского национального музея изобразительных искусств имени Гапара Айтиева тесно связана с историей становления и развития Кыргызстана.
1930-е годы стали периодом возникновения профессионального изобразительного искусства при самом активном участии деятелей русской культуры и сотрудничестве с Россией. В 1935 году открывается первая в Кыргызстане картинная галерея, оказавшая огромное влияние на зарождение национальной художественной школы. В постоянной экспозиции было представлено свыше 70 полотен русских художников: 54 картины были переданы из Государственной Третьяковской галереи и 18 из музейных фондов Народного комиссариата просвещения Российской Советской Федеративной Социалистической Республики (РСФСР). Все работы были отобраны основателем галереи, основоположником киргизской профессиональной живописи Семеном Афанасьевичем Чуйковым (1902–1980).
Значение личности С.А. Чуйкова для культуры Кыргызстана трудно переоценить. Он родился в Пишпеке (ныне Бишкек), с 1924 года учился в Высшем художественно-техническом институте в Москве, несколько лет работал в Ленинграде, а в 1933 году вернулся на малую родину, где вскоре стал заниматься обустройством галереи. Лично осуществлял формирование фондов, наладил работу по учету, хранению, исследованию и экспонированию произведений искусства. В 1939 году он открыл при галерее художественное училище, которое постепенно расширялось и спустя десятилетия переросло в Академию художеств Кыргызстана. Впоследствии Чуйков был удостоен высоких наград (народный художник СССР, лауреат Государственной премии СССР, академик Академии художеств СССР).
После Великой Отечественной войны, в 1947 году, в галерею было передано еще 70 произведений живописи и графики из центральных музеев — Государственной Третьяковской галереи и Государственного Эрмитажа. Впоследствии коллекции росли за счет поступлений из фондов Министерства культуры СССР, ведущих музеев Советского Союза, Союза художников СССР, Всесоюзного производственно-художественного объединения имени Е.В. Вучетича, а также приобретений у коллекционеров и их наследников.