«Отец русской хирургии», великий анатом, основоположник военно-полевой хирургии, выдающийся педагог и общественный деятель — все это о гении российской медицины Николае Ивановиче Пирогове (1810–1881). Благодаря своей научной и общественной деятельности он стал одним из крупнейших представителей европейской медицины XIX века.
Новая экспозиция воссоздает атмосферу первого музея Н.И. Пирогова — Музея Русского хирургического общества Пирогова, открытого в конце XIX века в Санкт-Петербурге. Создание первого музея стало общенациональным проектом. Медики считали за честь участвовать в нем, собирая по подписке деньги и передавая в дар музею раритеты, связанные с историей отечественной медицины. Многие реликвии были переданы в музей вдовой и сыном Н.И. Пирогова — Александрой Антоновной и Владимиром Николаевичем. Так претворялась в жизнь идея создателей музея сделать его памятником истории отечественной хирургии. Существенную поддержку оказали военный министр П.С. Ванновский и министр финансов С.Ю. Витте, часть средств на устройство музея была пожертвована графиней Е.А. Мусиной-Пушкиной и многими другими лицами. Известный петербургский архитектор В.А. Шретер перестроил для нужд музея «госпитальный провиантский магазин», возведенный в 1732 году у слияния Невы и Большой Невки.
С момента открытия музей стал центром медицинской мысли Петербурга: здесь проходили заседания Русского хирургического общества Пирогова и других научно-медицинских обществ, съезды и конференции, торжественные и юбилейные собрания. В его залах выступали прославленные ученые: Н.А. Вельяминов, Р.Р. Вреден, В.А. Оппель, Н.В. Склифосовский, Г.И. Турнер и другие выдающиеся врачи.
События Первой мировой войны и революций привели к тому, что здание и коллекции музея были переданы Военно-медицинской академии. К сожалению, здание Русского хирургического общества Пирогова не сохранилось до наших дней. Оно было разрушено в 1969 году при строительстве гостиницы «Ленинград». Против сноса исторического здания, украшавшего невские берега, выступали виднейшие представители советской интеллигенции во главе с академиком Д.С. Лихачевым.