Музей Мирового океана был учрежден решением Правительства РСФСР в апреле 1990 года. Он осуществляет экспозиционную деятельность, а также является республиканским центром различных научных исследований и научно-методической работы в вопросах исследования природы и истории океана. Музею принадлежит уникальный объект — единственная в стране Набережная исторического флота, у причала которого пришвартовано несколько знаменитых судов-музеев с очень богатой историей.
Здесь можно увидеть то самое легендарное исследовательское судно-музей «Витязь», единственное в мире судно космической связи «Космонавт Виктор Пацаев», внутри которого также расположен музей, единственную в стране подводную лодку-музей 641-го проекта на плаву, единственное в стране рыболовное судно-музей «СРТ-129». Набережная исторического флота протянулась до Санкт-Петербурга, где пришвартован ледокол «Красин», старейший в мире. Санкт-Петербургская набережная является филиалом музея с 2004 года.
Здание Музея Мирового океана в Калининграде расположено на набережной Петра Великого. Музей был открыт в 2003 году, его экспозиция состоит из различных аквариумов с кораллами, морской фауной, головоногими. На базе музея регулярно проводятся конференции, мероприятия, выставки, презентации и прочие научные, образовательные и развлекательные мероприятия. Рядом с сувенирным магазином расположено кафе в стиле «советской столовой-буфета» с комплексными обедами.
Музей Мирового океана представляет собой огромный береговой комплекс, в который входит несколько локаций. Прежде всего это главный корпус, где посетители могут ознакомиться с экспозицией «Мир океана. Прикосновение…», работающей с 2003 года. Выставка является центральной, в многочисленных аквариумах можно увидеть редкие коллекции раковин морских моллюсков и кораллов, палеонтологические и геологические образцы. Также к музею относятся выставочные корпуса «Морской Кенигсберг-Калининград» и «Пакгауз», выставочный павильон военно-морского центра «Куб воды», открытый в 2014 году. Еще один объект музея — это фондохранилище «Глубина», в котором посетители музея могут увидеть знаменитый глубоководный аппарат «Мир-1», принадлежащий Институту океанологии им. П.П. Ширшова РАН. Еще один уникальный экспонат фондохранилища — крупнейший в стране скелет кашалота.