Развитие агропромышленного комплекса Таджикистана в дореформенные годы не было строго ориентировано на удовлетворение внутренних потребностей в продовольствии. В соответствии с межреспубликанским разделением труда в рамках бывшего СССР наращивание объемов сельскохозяйственной продукции базировалось на стабильном потреблении ресурсов, поступающих из-за пределов республики, и практически неограниченной емкости рынков сбыта. Это способствовало динамичному развитию сельского хозяйства и обеспечивало относительно неплохие стартовые условия для перехода к рыночным отношениям в агропромышленном комплексе. После 1991 г., с выделением Таджикистана в самостоятельное государство и нарушением прежних экономических связей, изменились цель и условия производства. Последние стали определяющими как для всего народного хозяйства, его комплексов и отраслей, так и для отдельных предприятий, деятельность которых характеризует состояние экономики на микроуровне. Именно на этот период приходится начало кризиса, выразившегося в падении производства и снижении жизненного уровня населения. Положение углубилось гражданской войной, которая принесла народу республики невосполнимые потери. В этих условиях Таджикистану предстояло решить ряд проблем, важнейшей из которых является продовольственная. Централизованное формирование и распределение продовольственных ресурсов необходимо было заменить продовольственным фондом, формируемым на основе самообеспечения.
Как уже неоднократно подчеркивалось, в республике до сих пор не решены проблемы, связанные с обеспечением продовольствием за счет собственного производства. В значительной степени это определяется социально-экономической структурой отрасли, в которой преобладают крупные сельскохозяйственные предприятия, специализирующиеся на выращивании в основном хлопка, с использованием ресурсоемких технологий. Более того, за последние годы материально-техническая база агропромышленного комплекса была подорвана, в этой связи проблематичным является соблюдение технологического процесса.