Ежегодно на фармрынке регистрируется огромное количество новых лекарственных препаратов, значимая часть которых представлена малыми биологически активными соединениями, для разработки которых используются методы биоинформатики, в частности методы структурного моделирования белков. Принцип моделирования по гомологии заключается в том, что для предсказания структуры белка используется большой накопленный объем уже известных пространственных структур, который можно использовать для получения относительно достоверной модели искомого белка [10]. Так как существует правило, согласно которому 3D-структура белков одного семейства, слегка отличающихся по своему аминокислотному составу, имеет высокую вероятность пространственного сходства между собой [1], то можно применить моделирование по гомологии [2]. Здесь у читателя может возникнуть сомнение насчет точности полученной модели, но зачастую для практического применения не требуется построение модели белка целиком, достаточно точно построить сайт связывания с лигандом или оценить свойства, определяемые третичной структурой белка. К тому же существуют многочисленные способы валидации моделей. Однако моделирование по гомологии используется не только для предсказания взаимодействия лиганд-белковых взаимодействий, этот метод также применяется для изучения белок-белковых взаимодействий в молекулярной биологии для описания патологических путей развития болезни, оценки функций уже известных белков, изучения мутагенеза протеиновых структур в развитии наследственных заболеваний и, как следствие, разработки орфанных препаратов. Помимо этого, существуют белки, например семейства G белков, для которых моделирование по гомологии остается единственной альтернативой для построения моделей в связи со сложностью их выделения и описания классическими методами [5]. В данном обзоре описаны основные этапы и принципы работы с программами MODELLER и SWISS-MODEL на примере белка клещевого энцефалита NS3. Программа MODELLER имеет бесплатный академический доступ, его можно получить, отправив запрос на сайте программы (https://salilab.org/modeller). Для работы MODELLER необходим визуализатор, здесь будет использован онлайн-сервис PRIMO. Моделирование на сайте SWISS-MODEL (https://swissmodel.expasy.org) проводится бесплатно.