В описанной ситуации произвести оплату по контракту за вычетом суммы неустойки (штрафа) заказчик вправе.
В силу ч. 4, ч. 13, ч. 27 ст. 34 Федерального закона от 05.04.2013 № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» (далее — Закон № 44-ФЗ) условия об ответственности заказчика и поставщика (подрядчика, исполнителя) (далее — контрагент) за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств, предусмотренных контрактом, о порядке и сроках оплаты товара, работы или услуг, представляемых по контракту, о сроках возврата заказчиком контрагенту денежных средств, внесенных в качестве обеспечения исполнения контракта (если такая форма обеспечения исполнения контракта применяется контрагентом), являются обязательными для включения в контракт. В соответствии с ч. 6 ст. 34 Закона № 44-ФЗ в случае просрочки исполнения контрагентом обязательств, предусмотренных контрактом, а также в иных случаях неисполнения или ненадлежащего исполнения контрагентом обязательств, предусмотренных контрактом, заказчик направляет контрагенту требование об уплате неустоек (штрафов, пеней).
Следует также обратиться к нормам Гражданского кодекса РФ, на которых в том числе основывается Закон № 44ФЗ (ч. 1 ст. 2 этого Закона).
Обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований — в соответствии с обычаями или иными обычно предъявляемыми требованиями (ст. 309 ГК РФ). Обязательство прекращается полностью или частично по основаниям, предусмотренным Гражданским кодексом РФ, другими законами, иными правовыми актами или договором (п. 1 ст. 407 ГК РФ).
По общему правилу прекращение обязательства допускается зачетом взаимных встречных однородных обязательств при соблюдении требований, перечисленных в ст. 410 ГК РФ. Случаи, при которых прекращение обязательств зачетом не допускаются, перечислены в ст. 411 ГК РФ, в том числе случаи, предусмотренные законом или договором. Закон № 44-ФЗ не устанавливает запрета на прекращение обязательств зачетом.