Несмотря на относительную молодость, у вуза богатая история. Началась она 11 октября 1990 г., когда было принято постановление Совета Министров СССР об организации Московского института-интерната для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы. Впервые в России было создано высшее учебное заведение нового типа для людей с инвалидностью.
К началу 1993 г. Институт начал свою деятельность с создания пяти факультетов: экономического, юридического иностранных языков, прикладной математики и информатики, книгоиздания и редактирования.
В 2006 г. ректором Института был избран Вагиф Дейрушевич Байрамов — и с этого момента начался новый период в развитии вуза.
Особенностью новой политики стало изменение статуса Института с одновременным набором большего количества студентов-инвалидов. Наряду с инвалидами стали обучаться студенты без инвалидности – началась интегрированная система обучения. Собственно так и был заложен путь от сегрегации к инклюзии.
Разносторонний опыт работы со студентами-инвалидами с нарушением опорнодвигательного аппарата позволил ректору В.Д. Байрамову сделать настоящее открытие — осуществить инклюзию обратного порядка, когда в группы к ребятам-инвалидам пришли учиться студенты без инвалидности.
В мае 2011 г. приказом Министра образования и науки МГСГИ переименовывается в Московский государственный гуманитарно-экономический институт (МГГЭИ) и присоединяет к себе три филиала: Волгоградский (ВКЭПК), Челябинский (ЧППК) и Калмыцкий (КГФЭК).
Своё актуальное название вуз обрёл в июне 2014 г., когда Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации был переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение инклюзивного высшего образования «Московский государственный гуманитарно-экономический университет».
На сегодняшней день в структуре МГГЭУ семь факультетов, реализуются 24 направления подготовки бакалавриата, специалитета, магистратуры, аспирантуры по очной, очнозаочной формах и с использованием дистанционных образовательных технологий. Здесь обучаются более 400 студентов с инвалидностью, среди которых 68 колясочников.