Основу собрания Самарского епархиального церковно-исторического музея составили фонды двух Владык — Митрополита Мануила (Лемешевского) и Митрополита Иоанна (Снычева): их личные вещи, книги и документы, а также дары действующего архиерея — митрополита Самарского и Тольяттинского Сергия (Полеткина). Основной фонд музея активно пополняется и сегодня составляет более 7000 единиц хранения.
Музей расположен в здании Самарской Духовной семинарии. Его постоянную экспозицию, расположенную в двух залах, дополняет зал для проведения временных выставок, первой из которых стала выставка икон из Государственного музея Палехского искусства «Просвещение через Образ». На сегодня в музее состоялось более 60 различных выставок, причем не только церковной тематики. Это позволяет вовлекать в музейную орбиту художников и коллекционеров, что дает музею возможность поддерживать интерес к своему собранию.
В зале «Церковная история Самарской митрополии» представлены документы, фотографии архиереев, возглавлявших Самарскую епархию, фотографии храмов, полностью уничтоженных в 1930-е годы, в числе которых Кафедральный собор во имя Воскресения Христова, Никольский собор мужского монастыря, Успенский собор Иверского монастыря. В экспозиции представлена жизнь подвижников благочестия Самарского края: епископов, священников, монахов, старцев. Важнейшая ее часть — келья митрополита Мануила, одного из видных иерархов Русской православной церкви ХХ века, непримиримого борца с обновленческим расколом. Его архипастырское служение, начавшееся еще в 1920е, дает пример истинного подвижничества и благочестия. Всю жизнь Владыка Мануил не переставал заниматься научной и исследовательской деятельностью, даже в ссылках и лагерях, где он провел в общей сложности более 20 лет! Самым значительным его трудом, имеющим общецерковное значение, стал «Биографический словарь архиереев Русской православной церкви с момента Крещения Руси до 50-х годов ХХ века». Этот колоссальный труд входит в наше музейное собрание рукописей и документов.