Книжное собрание Каргопольского музея насчитывает более 1600 предметов XVI–XIX веков. Начало его формированию было положено основателем и первым заведующим музея Капитоном Григорьевичем Колпаковым (1845– 1922), передавшем 27 марта 1919 года собранную им разнообразную коллекцию (около 600 предметов) уездному отделу народного образования
Этот день и считается днем рождения музея.
В составе книжного фонда музея — более 130 ценнейших рукописей, 270 книг кириллической печати и 85 книг гражданской печати. Однако долгое время эта коллекция оставалась не описана. Толчком к началу ее изучения стала работа Архангельской областной научной библиотеки им. Н.А. Добролюбова над созданием «Свода книжных памятников Архангельской области», к которой приступили ее сотрудники в 2004 году. В этом же году Каргопольский музей стал участником этого проекта.
Нужно отметить, что для полноценной работы по изучению книжных памятников в то время нам не хватало знаний и опыта. Большую помощь музею оказали обучающие семинары1 которые с 2006 по 2015 год проводила Архангельская областная научная библиотека, приглашая ведущих специалистов Российской Государственной библиотеки (Москва) и Российской национальной библиотеки (Санкт-Петербург). Сотрудники библиотеки им. Н.А. Добролюбова также оказывали нам помощь в идентификации книг, проводили необходимые консультации. В результате этой работы в Каргопольском музее было составлено научное описание 85 книг гражданской печати, датированы, идентифицированы, составлены паспорта сохранности более 250 книг кириллической печати. Описания книжных памятников музея вошли в «Свод книжных памятников Архангельской области» и были размещены на сайте библиотеки им. Н. Добролюбова
Еще одним результатом работы по проекту стали музейные выставки, посвященные книжно-рукописному наследию Каргополья2 . Первая из них — «Книжная гравюра» была посвящена цельногравированным изданиям из собрания музея. Это Синодик Леонтия Бунина, Святцы, издание «Краткое описание Святого града Иерусалима».