Создание в 1724 году Академии наук относится к периоду становления науки в современном ее понимании, быстрого накопления достоверных сведений о природе, опирающихся на эксперимент и математические методы. В первые годы существования Академии преимущественное развитие получили математические и естественные науки, что в значительной мере было обусловлено запросами практики: развитием производства, изучением и освоением природных богатств страны, потребностями мореплавания, метеорологии, картографии. Велись также исследования в области анатомии и физиологии, географии, этнографии и истории.
Ее можно считать первым академическим музеем, хотя первоначально Кунсткамера не входила в состав Академии наук, но должна была содействовать ее деятельности. Однако академики были недовольны затрудненным доступом к собраниям Кунсткамеры, поэтому в конце 30-х годов XVIII века была осуществлена передача ее в Академию наук.
Первыми экспонатами Кунсткамеры, как известно, были коллекции Петра I. Однако комплексные исследования, проведенные под руководством ученых Академии наук и при их непосредственном участии, способствовали накоплению огромного фактического материала, пополнившего коллекции Кунсткамеры. Если вначале в них преобладали курьезы, то с развитием деятельности Академии все большее внимание уделялось природе и населению страны. Работы по систематизации, обработке коллекций, составлению каталогов проводили лучшие ученые того времени1 .
На протяжении XVIII века в музее скопилось множество предметов, представляющих интерес с точки зрения различных наук. Собрание классифицировалось по «кабинетам», превратившимся в научные учреждения, которые в начале XIX века обособились в самостоятельные академические музеи2 . Они прошли сложный путь, став крупнейшими музеями России, коллекции которых приобретали все больший вес в развитии фундаментальных исследований.
Фактически он состоял из двух самостоятельных отделов: минералогического и геологического. К концу XIX века музей располагал лучшим собранием по геологии Сибири; не менее ценными были поступления из Европейской России. Осенью 1900 года директором музея становится Ф.Н. Чернышев (1856–1914), который поставил цель превратить академический музей в национальный геологический и минералогический музей с широкими возможностями для исследовательской работы. Он начал с создания в музее библиотеки и лаборатории, а с 1907 года стали ежегодно выходить труды музея, в которых помещались научные работы, основанные главным образом на музейном материале, и ежегодные отчеты об экспедициях.