Музейное дело в Бухаре берет свое начало с 1920-х годов. Благодаря стараниям Бухкомстариса (Бухарская комиссия по охране памятников старины и искусства) 8 ноября 1922 года в старом городе открылся первый музей. Директором этого учреждения был Аминджон Пулатов, однако из-за отсутствия финансирования музей был закрыт для посетителей в 1924 году, а в 1927 году был реорганизован в несохраненном здании медресе Кукельдаш.
Деятельность музея непосредственно связана с хранением, учетом и экспонированием коллекций. История формирования музейной коллекции всегда представляет исследовательский интерес. Фондовая коллекция активно изучалась как научными сотрудниками музея-заповедника, так и зарубежными исследователями, которые внесли огромный вклад в эту область.
Вся фондовая коллекция включает в себя 24 инвентарные группы. Все предметы основного фонда зарегистрированы в Книге приема (КП) по номеру, однако для того, чтобы уточнить, к какой инвентарной группе относится экспонат, через слеш (/) указаны инвентарные номера, означающие инвентарную группу, к которой относится предмет. Названия коллекции подробно указаны в следующем этапе.
Первых экспонатов музея было не так много — 168 единиц (вышивка, вазы из фарфора, керамические изделия и т.д.)1. Со временем музейный фонд пополнился новыми артефактами. К числу таких можно отнести коллекцию бывшего эмира Бухары. По данным КП (Книга приема, или Главная инвентарная книга), эти предметы зарегистрированы в Главной инвентарной книге и получили статус музейного экспоната. Бухарский музей занимает первое место среди музеев Средней Азии по количеству дворцовых предметов. Данные экспонаты широко используются в экспозиции для создания представления о дворцовой жизни и искусстве в начале ХХ века в Бухаре.
Формирование первой коллекции — наиболее интересный факт. Многие предметы были приобретены из Бухкомстариса, состоящие из наиболее увлекательных артефактов. Даже сотрудники музея неоднократно покупали предметы старины на базаре, в магазине ГорПО (городское потребительское общество) из имущества недоимщиков, огромное количество экспонатов соответствует доле эмирской казны (казначейства), мастера народного искусства тоже внесли свой вклад в пополнение музейного фонда ценными предметами. Разные атрибуты, образцы их работ тоже экспонировали на выставке того времени.