Каспийское море — крупнейший в мире внутриконтинентальный водоем, который обладает признаками моря (морская соленая вода, глубина, биоресурсы, строение дна — фактически шельфа) и озера (удаленность от Мирового океана и отсутствие с ним прямого сообщения). Территориально море делят на три части: Северный, Средний и Южный Каспий [13]. Условной границей между Северным и Средним Каспием считается Мангышлакский порог, между Средним и Южным — Апшеронский порог. Экосистемы каждой части моря неповторимы, различия обусловлены географическим положением, климатом и гидролого-гидрохимическими свойствами [5].
Основные богатства Каспийского моря и его шельфа — огромные нефтегазоносные ресурсы, добыча которых служит важной составляющей экономического развития России, Азербайджана, Ирана, Туркменистана и Казахстана [1]. Зоны активной добычи углеводородного сырья соседствуют с участками промысла, поскольку Каспийское море также обладает и огромным рыбохозяйственным значением, здесь созданы идеальные условия для нагула более чем 140 видов морских, полупроходных и проходных рыб. В Каспийском море в последние годы расширяется промысловый лов кильки и реализуется план мероприятий по развитию промысла других перспективных водных биологических ресурсов. При этом необходимо учитывать, что при разработке нефтегазоконденсатных месторождений не всегда все проходит гладко, кроме того, развитое судоходство и портовые зоны также дополняют антропогенное воздействие на акваторию моря [12]. Поэтому активное освоение водных биологических ресурсов (ВБР) Каспийского моря вызывает необходимость всестороннего мониторинга состояния акватории уникального водоема, где одним из наиболее информативных направлений являются ежегодные исследования микробиоты. Бактериальные сообщества участвуют в рециклинге биогенных элементов, а также формируют основу цепи питания. За счет деструкционной деятельности бактерий в морских экосистемах утилизируется 40–80% органического углерода, создаваемого первичными продуцентами [15]. Основную роль в микробиоценозе морской среды играют сапротрофные бактерии. Именно они первыми реагируют на поступление высоких концентраций органических веществ, поскольку большая часть автохтонного бактериопланктона является облигатными олиготрофами [9]. Помимо положительных функций, сапротрофные бактерии могут представлять потенциальную опасность как для гидробионтов, так и для человека, поскольку в состав этой группы входят патогенные и условно-патогенные микроорганизмы, способные вызывать заболевания полупроходных и проходных видов рыб [2; 3; 10].