Представители микробиоты кишечника выполняют ряд важнейших функций в организме человека: они обеспечивают колонизационную резистентность, стимулируют развитие иммунной системы, участвуют в синтезе витаминов и других биологически активных веществ (например, короткоцепочечных жирных кислот) и др. В результате воздействия инфекционных, стрессовых и неблагоприятных экологических факторов наблюдается изменение качественного и количественного состава кишечной микробиоты, что ведет к развитию дисбиоза. В настоящее время наиболее эффективным способом коррекции дисбиоза является использованием аутопробиотиков, содержащих в своем составе аутологичные штаммы микроорганизмов. Однако более 90 % видов относятся к труднокультивируемым облигатно-анаэробным микроорганизмам, что затрудняет их выделение из биологического материала и накопление биомассы.
Цель исследования: обоснование возможности использования коммерческих питательных сред для выделения облигатно-анаэробных представителей микробиоты кишечника.
Материалом для исследования были свежесобранные фекалии 20 взрослых людей, собранные и доставленные в лабораторию при соблюдении условий максимально приближенными к строго анаэробным. Исследования проводили с четырьмя вариантами коммерческих питательных сред:
№ 1 — питательная среда на основе рубленного мяса с углеводами (110 Chopped meat medium with carbohydrates DSMZ);
№ 2 — питательная среда на основе рубленного мяса (78 Chopped meat medium DSMZ);
№ 3 — питательная среда YCFA (1611 YCFA medium DSMZ);
№ 4 — питательная среда Bifidobacterium medium (58 Bifidobacterium medium DSMZ).
1 г фекалий засевали в среду накопления (жидкий вариант питательных сред). Посевы инкубировали в условиях анаэробной станции в атмосфере трехкомпонентной газовой смеси (Н2–10 %, N2–80 %, CO2–10 %) при 37 °С и каждые 24 часа проводили высев на плотные питательные среды. Идентификацию выделенных бактерий осуществляли с помощью метода MALDI-TOF MS на масс-спектрометре Microflex с программным обеспечением MaldiBioTyper версии 4.1 (BrukerDaltoniks, Германия), а при невозможности — путем секвенирования последовательности гена 16S рибосомальной РНК (по Сэнгеру).