17 апреля 1930 г. Приказом ВСНХ № 1238 была расформирована Московская горная академия, а на её основе создано шесть самостоятельных институтов, в том числе Московский нефтяной институт. Этим же приказом директором (ректором) МНИ был назначен И.М. Губкин и институту было присвоено его имя.
В вузе преподавали основоположники отечественной нефтегазовой науки. В 1931 г. здесь было создано проектно-исследовательское бюро (ПИБ), работавшее по хоздоговорам с «Азнефтью», «Грознефтью» и др. производственными организациями. Вузовские преподаватели и студенты занимались проектированием промыслов, технологических установок для переработки нефти, буровых станков и промыслового оборудования, исследованиями в области химии и технологии нефти. Они участвовали в важнейших открытиях нефтяных месторождений: в Чусовских городках (1929 г.), возле Ишимбая (1932 г.) и др. Аспирант В.М. Сенюков открыл нефть в древнейших осадочных породах кембрия в Якутии (1940 г. — Государственная премия).
К концу 1930 г. в МНИ им. И.М. Губкина училось 1135 студентов. За первое десятилетие работы из стен вуза вышло 1433 инженера. Среди первых выпускников МНИ им. И.М. Губкина было много выдающихся учёных (М.М. Чарыгин, И.М. Муравьёв, С.Ф. Фёдоров, Ф.А. Требин, И.С. Поляков, И.Л. Гуревич, Н.И. Шацов и др.). К 1940 году в институте работала 31 кафедра.
Годы войны стали одним из самых тяжёлых периодов в жизни института. Многие студенты и преподаватели ушли на фронт добровольцами или вступили в народное ополчение, участвовали в строительстве оборонительных сооружений под Москвой и возле Смоленска. Сам вуз осенью 1941 г. был эвакуирован в Уфу, а в Москве остался его филиал. Коллектив вуза принял решение считать себя мобилизованным на выполнение любого задания Государственного комитета обороны. С участием учёных вуза за годы войны было открыто 34 месторождения нефти и газа, внедрены в производство многие изобретения. К числу крупнейших открытий военного времени относится получение высокодебитной нефти из девонских отложений Волго-Уральской нефтегазоносной провинции. В июле 1944 г. дала фонтан скважина № 41 в Яблоновом овраге, а 26 сентября 1944 г. — на Туймазинской структуре в Башкирии. Именно девонская нефть, добыча которой вскоре началась в Татарской АССР и Пермской области, впоследствии вывела Волго-Уральский регион («Второе Баку») на первое место в стране. За это выдающееся открытие, подтвердившее научное предвидение академика И.М. Губкина, в 1946 г. была удостоена Государственной премии СССР группа нефтяников-учёных и производственников, среди которых были три выпускника Московского нефтяного института им. И.М. Губкина: М.В. Мальцев, Т.М. Золоев, С.И. Кувыкин, а также ученик И.М. Губкина по Московской горной академии К.Р. Чепиков.