Наибольшее количество вопросов, поступающих от подконтрольных государственному ветеринарному надзору лиц, а также территориальных управлений Россельхознадзора, касается порядка применения положений приказа Минсельхоза России от 27 декабря 2016 г. № 589 «Об утверждении ветеринарных правил организации работы по оформлению ветеринарных сопроводительных документов, порядка оформления ветеринарных сопроводительных документов в электронном форме и порядка оформления ветеринарных сопроводительных документов на бумажных носителях», положения которого допускают двоякое их толкование; о разъяснении приказа Минсельхоза России № 393 и приказа ФТС России № 2154 от 6 ноября 2014 г. «Об утверждении Административного регламента исполнения Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору и Федеральной таможенной службой государственной функции по осуществлению государственного ветеринарного надзора в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, а также исполнения Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору государственной функции по осуществлению государственного ветеринарного надзора в местах совершения таможенных операций на территории Российской Федерации, отличных от пунктов пропуска через государственную границу Российской Федерации, в отношении предназначенных для вывоза, ввезенных и перемещаемых транзитом через таможенную территорию Таможенного союза товаров, подлежащих государственному ветеринарному надзору» в части вывоза животных в сопровождении международного ветеринарного паспорта, форма и порядок учета которых не установлены.
Постановление Правительства Российской Федерации от 31 января 2013 г. № 69 «Об утверждении Положения о федеральном государственном карантинном фитосанитарном надзоре». В настоящее время постановление расходится с Федеральным законом от 21 июля 2014 г. № 206-ФЗ «О карантине растений», предусматривающим государственный карантинный фитосанитарный надзор (без слова «федеральный»).
Приказ Минсельхоза России от 13 июля 2016 г. № 293 «Об утверждении порядка выдачи фитосанитарного сертификата, реэкспортного фитосанитарного сертификата, карантинного сертификата» (далее — Порядок № 293). Много вопросов вызывал подпункт 3 пункта 8.3 Порядка № 293, согласно которому для выдачи карантинного сертификата физические и юридические лица подают в том числе документ, подтверждающий проведение профилактического фитосанитарного обеззараживания складских помещений, предназначенных для хранения заявленной к ввозу подкарантинной продукции, в соответствии с Порядком организации проведения работ по обеззараживанию подкарантинных объектов методом газации и работ по их дегазации, утвержденным приказом Минсельхоза России от 29 августа 2008 г. № 414. Совместно с Минсельхозом России было выработана позиция, согласно которой при отсутствии необходимости хранения семян в складских помещениях к заявке на выдачу КС не требуется представление акта профилактического обеззараживания складских помещений, а также были даны рекомендации по заполнению заявки в указанных случаях.