В 300 м от Ново-Иерусалимского монастыря находится Государственный историко-художественный музей «Новый Иерусалим» — один из крупнейших музейных комплексов в стране. Он располагается в необычном современном здании, построенном в стилистике «зеленой архитектуры», которое содержит более 10 тыс. кв. м выставочных площадей. Уникальные исторические экспонаты можно увидеть здесь в современном пространстве, дополненном мультимедийными технологиями. Собственное фондовое собрание музея насчитывает 190 тыс. единиц хранения и включает археологические, исторические, этнографические, а также художественные коллекции. Наряду с постоянными экспозициями в музее регулярно проходят временные выставочные проекты. Среди представленных здесь в последние годы мастеров — Айвазовский, Шишкин, Левитан, Пикассо, Кустодиев, Дюрер, Фальк, Фаберже, Шагал и многие другие.
В 2014 году музей, находившийся в стенах Ново-Иерусалимского монастыря, переехал в новое трехэтажное здание, расположенное на участке площадью 4,28 га и построенное на противоположном берегу Истры. Это создало большие возможности для масштабной выставочной деятельности.
С декабря 2017 года в музее открыта постоянная экспозиция «Новый Иерусалим — памятник истории и культуры XVII– XX веков», которая развернулась на площади 1500 кв. м и рассказывает о том, как задумывался и складывался образ святых мест в Подмосковье, о роли Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря как памятника русского зодчества, русской истории и культуры, о личности патриарха Никона.
В конце 2018 года в музее «Новый Иерусалим» открылась постоянная экспозиция «Русское искусство. Церковное и светское искусство XVI — начала XX века» в обновленном формате. В основном ее разделе собраны предметы живописи, иконописи, скульптуры, мебели и декоративно-прикладного искусства из коллекции музея, большая часть которых поступила в собрание музея в послереволюционный период.
Безусловный приоритет в экспозиции отдан живописи — наиболее важному жанру в формировании национального самосознания в XVIII–XIX веках. Раздел пейзажной живописи включает произведения А.К. Саврасова, И.К. Айвазовского, М.Н. Воробьева и других знаковых авторов жанра. Отдельного внимания заслуживает богатое собрание портретов — традиционно широко экспонируемая часть музейной коллекции. Среди всех живописных жанров в XVIII — первой половине XIX века именно портрет отразил своеобразие русского искусства данного периода, связанного с идеалами Просвещения. Архитектура экспозиционного пространства дает возможность проследить основные этапы развития русского портрета и оценить произведения именитых мастеров, таких как Ф.С. Рокотов, В.Л. Боровиковский, Н.И. Аргунов, В.А. Тропинин, а также работы неизвестных живописцев, творчество которых составляет основу художественного феномена усадебной русской культуры.