Сумма доходов федерального бюджета от уплаты таможенных и иных платежей за 11 месяцев 2019 г. составила 5174,8 млрд руб. (на 4,43 %, или на 234,7 млрд руб., ниже аналогичного показателя 2018 г. — 5409,5 млрд руб.). При этом по сравнению с 2018 г. возросли платежи при ввозе товаров — на 360,4 млрд руб. (на 13,6 %). Сложившаяся динамика поступления платежей при импорте товаров обусловлена прежде всего увеличением с 1 января 2019 г. ставки НДС с 18 до 20 %, а также ростом курса доллара США к российскому рублю на 3,3 % по сравнению с 2018 г. Платежи при вывозе товаров уменьшились на 594,8 млрд руб. (на 22,1 %). Снижение поступлений связано с реализацией «налогового маневра» в нефтяной отрасли и введением с 1 января 2019 г. налога на дополнительный доход от добычи углеводородного сырья. По результатам 11 месяцев 2019 г. в структуре перечислений в доход бюджета НДС составил 2348,7 млрд руб., ввозные таможенные пошлины — 558,3 млрд, вывозные таможенные пошлины — 2095 млрд руб. Плановое значение по перечислениям в бюджет для ФТС России на 2019 г. составляет 5639,6 млрд руб. Предварительная оценка выполнения итогового задания до конца года — 5650,04 млрд руб. В условиях применения «налогового маневра» доля экспортной составляющей нефтегазовых доходов, администрируемых ФТС России, в сумме таможенных платежей постепенно сокращается. За 11 месяцев 2019 г. по сравнению с аналогичным периодом 2018 г. доля экспортной составляющей нефтегазовых доходов снизилась на 9,2 % и составила 40,2 %. За 11 месяцев 2019 г. сумма нефтегазовых доходов, администрируемых ФТС России, составила 2081,5 млрд руб., что на 22,2 % (или 592,3 млрд руб.) ниже показателя аналогичного периода 2018 г.
В 2019 г. ФТС активно продолжала реформы, начатые в 2018 г., по существенному реформиированию таможенных органов страны. В соответствии с приказом Минфина России от 9 января 2018 г. № 2 «Об утверждении плана мероприятий ("дорожной карты") по реформированию системы таможенных органов в период с 2018 года по 2020 год» ФТС России проводит комплекс мероприятий по созданию единой сети электронных таможен и центров электронного декларирования (ЦЭДов). К концу 2020 г. они станут основными местами электронного декларирования товаров. ЦЭД является специализированным таможенным органом, компетенция которого ограничена совершением таможенных операций в отношении товаров, декларируемых исключительно в электронной форме, и правомочен совершать только документальный контроль, что позволяет исключить необходимость личного присутствия участника ВЭД, а также обеспечивает сокращение сроков совершения таможенных операций при декларировании товаров. На таможенные посты фактического контроля возложен функционал, связанный с непосредственным контролем товаров, работой с документами на бумажных носителях. По состоянию на декабрь 2019 г. функционируют 12 ЦЭДов (8 специализированных и 4 в составе региональных электронных таможен). Созданы Приволжская, Уральская и Северо-Кавказская электронные таможни. С августа 2019 г. работает Сибирская электронная таможня. Функционируют Владивостокский, Новороссийский, Балтийский, Московский областной и Калининградской областной ЦЭДы. В 2019 г. начал функционировать Акцизный специализированный ЦЭД, Авиационный ЦЭД и Центральный энергетический ЦЭД. В 2020 г. будут запущены Центральная, Северо-Западная, Южная и Дальневосточная электронные таможни.