Понятие оптимизации бюджетной сети, в том числе и в здравоохранении, стало использоваться в связи с реформой бюджетного процесса, начатой в 2004 году. На фоне разграничения расходных полномочий различных уровней власти в части финансирования организаций социальной сферы Минфином России были разработаны методические материалы внедрения бюджетирования, ориентированного на результат, а также методические рекомендации по реструктуризации бюджетного сектора на региональном и муниципальном уровнях. В качестве косвенных показателей эффективности бюджетных расходов в здравоохранении было рекомендовано использовать такие показатели, как количество дней пребывания в стационаре, загруженность койко-места, доля расходов территориальных фондов обязательного медицинского страхования в общей структуре расходов на здравоохранение и др. [6]. В этот период времени в собственность муниципальных районов и городских округов из собственности субъекта Российской Федерации были переданы учреждения, предназначенные для оказания первичной медико-санитарной помощи, скорой медицинской помощи, медицинской помощи женщинам в период беременности, во время и после родов. Соответственно, расходные полномочия по финансированию названных учреждений закреплялись за муниципальным районом или городским округом, то есть из местных бюджетов.
Главные распорядители бюджетных средств разрабатывали планы мер по оптимизации бюджетного сектора исходя из имеющихся финансовых возможностей в условиях низкого уровня обеспеченности местных бюджетов собственными доходами. Понятие оптимизации бюджетной сети в здравоохранении приобрело смысловое значение сокращения количества медицинских учреждений. Количество больниц с 2000-го по 2005 год сократилось с 10,7 до 9,5 тыс. В 2006 году было уже 7,5 тыс. медицинских учреждений, а в 2015 году — 5,4 тыс. [7]. Как видим, самые высокие темпы сокращения больниц приходятся на период реализации программ оптимизации бюджетной сети на региональном и муниципальном уровнях.