Формирование фаунистического подхода к озерным экосистемам и их структурным компонентам началось в середине ХХ века с работ Г. В. Никольского [10; 11]. Развивая представление о фаунистических комплексах на примере ихтиофауны водоемов, он обращает внимание прежде всего на взаимосвязь популяционной структуры вида с экосистемой водоема, в котором она складывается. Она определяется трофическими взаимосвязями между компонентами экосистем, которые, в свою очередь, различаются в водоемах различных природных зон, что определяет структуру фаун [12].
Основными факторами, формирующими фаунистические комплексы в малых по площади озерах, являются генезис и геоморфология водоема. В современных условиях структуру и общность таких комплексов поддерживают геохимические и гидрохимические условия. В совокупности с климатическими факторами они преобразуют любой озерный фаунистический комплекс в структурную единицу ландшафта [9]. Развитие теории фаунистических комплексов применительно к озерным экосистемам обосновывается структурными элементами их биологического разнообразия. В малых озерах Западной Сибири при небольшом объеме их водных масс под влиянием абиотических факторов формируются достаточно стабильные зоопланктоценозы [17], характеризующиеся низкой выравненностью с развитой системой доминирования отдельных таксонов.
Основой фаунистических комплексов лимноэкосистем различных регионов России, определяющей их типологию, всегда считались представители ихтиофауны [2]. В последнее время в связи с активным развитием региональных гидробиологических исследований изменились подходы к описанию типологии фаунистических комплексов озер. В качестве формирующих их элементов часто определяются различные виды паразитофауны водоемов, однако и они зачастую связаны с ихтиоценозами. Использование в качестве эдифицирующего элемента, формирующего фаунистический комплекс, озерного мезозоопланктона позволяет определить тип комплекса, в котором ихтиофауна играет второстепенную роль. Именно эта размерная группа зоопланктона имеет наибольшее значение в формировании потоков органического вещества и его трансформации в малых озерах, особенно в лесостепных районах [4]. Это позволяет несколько пересмотреть зоогеографические особенности территорий, в частности юга Западно-Сибирской равнины [5]. Подобный подход можно считать современным и обоснованным, меняющим вектор фаунистических исследований малых озер различных территорий Сибири [3; 7].