Здоровье рыбы, как обитателя водной среды, зависит от очень многих факторов. Прежде всего это стрессовые условия: плотности посадки, ручные манипуляции (хендлинг), искусственные комбикорма, температурный и гидрохимический режим водоёма, высокое содержание органики и токсических веществ в воде, нарушение технологических процессов, всё то, что ухудшает условия содержания рыбы, отрицательно сказывается на её иммуно-физиологическом статусе. В то же время многие из этих условий отрицательно воздействуют и на микроорганизмы, обитающие в воде. Борьба за выживание активизирует все ферментные системы микроорганизмов, в результате чего повышается их вирулентность [4]. Такие бактерии становятся способными преодолевать защитные барьеры рыбы на фоне сниженной резистентности, особенно если на поверхности кожи есть повреждения, причинённые паразитами, которые проникают внутрь и, если условия продолжают оставаться плохими, могут вызвать заболевание [3]. Для постановки правильного диагноза и определения возбудителя заболевания необходимо проведение ихтиопатологических исследований, которые состоят из оценки клинической картины, патолого-анатомических изменений, микроскопии соскобов с жабр, кожи и плавников, гематологических исследований и микробиологических посевов патматериала от рыб. Последнее необходимо для идентификации возбудителя и определения его чувствительности к антибактериальным препаратам [2].
В настоящее время при обследовании рыбоводных хозяйств в обязательном порядке отбираются пробы воды, в которой находится обследуемая рыба, патматериал, стерильно отобранный от рыбы, и комбикорм, которым рыбу кормили. Всё это позволяет получить более точную картину эпизоотической ситуации в хозяйстве и установить причину заболевания [4] (рис. 1).
Микробиоценоз воды рыбохозяйственных водоёмов формируется из микрофлоры водоисточника, детритного состава ложа, микрофлоры кормовой базы водоёма и привнесённых искусственных кормов, микрофлоры рыб и микрофлоры сельскохозяйственных, коммунально-бытовых и промышленных стоков (там, где они имеются) (рис. 2). При массивном прессинге бактериальной флоры воды и снижении иммунитета у рыбы происходит контаминация её внутренних органов. Свою лепту в загрязнение воды вносят и искусственные комбикорма. При параллельном исследовании посевов комбикорма, воды и паренхиматозных органов рыбы выявляются одинаковые микроорганизмы (бактерии группы кишечной палочки, аэромонады, ацинетобактеры, моракселлы, цитробактеры, протей, энтерококк, миксобактерии). Иногда в посевах комбикорма выявляется весьма пёстрый букет условно-патогенной микрофлоры, способной при неблагоприятных условиях вызвать у рыбы развитие бактериальной геморрагической септицемии [7].