Системы защиты растений от вредных организмов в агротехнологиях являются завершающим этапом в ограничении действия факторов, лимитирующих продуктивность сельскохозяйственных культур. Проектирование систем защиты осуществляется с помощью долго- и краткосрочного прогнозов на основе установления видового состава вредных организмов и их потенциальной вредоносности в определенных почвенно-климатических условиях.
В зависимости от преобладающих видов вредителей, болезней и сорняков подбираются сорта сельскохозяйственных культур, обладающие толерантностью к выделенным вредным объектам, агротехнические приемы, способствующие снижению их вредоносности, и средства защиты. Последние могут включать химические, биологические препараты, биологически активные вещества. Пестициды применяются строго в соответствии с технологическими регламентами, и только на основе фитосанитарного мониторинга, когда численность вредного объекта превышает экономический порог вредоносности.
Такие организационно-хозяйственные и агротехнические приемы, как пространственная и временная изоляция посевов, чередование культур, система основной и предпосевной обработки почвы, оптимизация минерального питания растений, сроков посева, норм высева и т. д., в той или иной степени могут влиять на фитосанитарную ситуацию в посевах. Однако они нацелены в основном на ограничение негативного воздействия абиотических факторов и могут оптимизировать фитосанитарную ситуацию в посевах лишь в отношении одного-двух, реже — нескольких вредных видов.
Чаще всего сельскохозяйственным растениям угрожает целый комплекс разнородных взаимодействующих биологических объектов, и агротехнические мероприятия, ограничивая действие одних, часто приводят к усилению влияния других вредных видов. Например, при ранних сроках посева полевых капустных культур и ярового ячменя существенно снижается засоренность посевов, но при тех же ранних сроках посева возрастает опасность повреждения зерновых стеблевой блошкой, хлебной полосатой блошкой, а капустных культур — комплексом крестоцветных блошек.