К настоящему времени численность популяций ценных видов рыб сильно сократилась. Из-за резкого снижения численности осетровых с начала 1990-х годов их коммерческий промысел запрещен: белуги — с 2000 года, осетра и севрюги — с 2005 года. Ежегодный пропуск производителей осетровых на сохранившиеся нерестилища Волги составляет в среднем 22 тыс. экз., что в 40 раз меньше, чем в начале 1980-х годов [6]. Сокращение численности производителей отрицательно отразилось и на объемах искусственного воспроизводства: выпуск молоди осетровыми рыбоводными заводами (ОРЗ) с начала 1990-х годов снизился в 2,5 раза (с 50,6 до 20,0 млн экз. в год).
Численность балтийской популяции атлантического лосося (далее — балтийский лосось, лосось) в Северо-Западном регионе также резко снизилась (со 175 т в уловах 1991 года до 0,1 т в 2010 году) [8]. С 2009 года коммерческий промысел лосося здесь был прекращен в связи с повсеместным отсутствием промысловых запасов и естественного нереста в подавляющем большинстве рек. Однако на 2017 год общий допустимый улов лосося для российской части Финского залива был предложен (ФГБНУ «АтлантНИРО») в размере 13 т [8].
Таким образом, популяции балтийского лосося и осетровых рыб здесь утратили промысловое значение и их численность поддерживается преимущественно за счет заводского воспроизводства. При этом, в отличие от осетроводства, большинство лососевых рыбоводных заводов (ЛРЗ) располагаются на акватории нерестилищ, откуда и изымают зрелых производителей в ущерб естественному воспроизводству. Промысловая нагрузка ЛРЗ на нерестилища, как и сам промысел ценных видов рыб в период преднерестовой миграции, являются важной причиной прогрессивного снижения их численности [2]. При этом, несмотря на постоянно проводимый мониторинг и общепризнанную необходимость, особенности структуры популяций рыб в графике работы рыбоводных заводов и в конкретной биотехнике воспроизводства строго не учитываются [5–7].
За последние пять лет ЛРЗ Ленинградской области было выпущено 3,2 млн шт. преимущественно годовалой молоди лосося. Средняя величина учтенного возврата производителей заводского происхождения лосося составляет 1,9% от общего количества выпущенной двухгодовалой молоди (по последней инструкции 1979 года), а для выпускаемых в настоящее время годовиков и двухлеток эта величина составляет всего 0,4% [7; 9]. Это свидетельствует о низкой выживаемости молоди, необходимости разработки новой, современной биотехники ее выращивания и выпуска, повышения эффективности воспроизводства в целом. К настоящему времени в связи с дефицитом зрелых производителей, как осетровых, так и лососевых, возникла проблема формирования и эксплуатации их заводских ремонтно-маточных стад (РМС) [4–6]. Биотехнической основой решения этой проблемы является метод резервирования производителей [1; 2; 13].