Будучи известным меценатом и покровителем искусства, Петр Николаевич Перцов задумал построить доходный дом для одарённых художников и артистов. В 1902 году подобрать подходящее место ему помог известный коллекционер Иван Цветков, посоветовавший участок с видом на Кремль и храм Христа Спасителя. В благодарность за рекомендацию Перцов дал слово построить дом в русском стиле.
Зимой 1905 года был объявлен закрытый конкурс на составление проекта доходного дома, в котором участвовали Аполлинарий Васнецов, Сергей Малютин, архитекторы Дидерихс и Браиловский. Перцов выдвинул два основных условия: строение должно было «отвечать духу и преданиям Москвы и требованиям современности». Также он оставил за собой право выбрать замысел любого из номинантов. В жюри были приглашены Виктор Васнецов, Василий Суриков, Фёдор Шехтель, Василий Поленов, Сергей Соловьёв, Илларион Иванов-Шиц, Станислав Ноаковский. Премию в 800 рублей и первое место выиграл Аполлинарий Васнецов, но будущему хозяину дома больше понравилась работа Сергея Малютина, занявшая второе место. Это было здание в стиле русского ампира, которое, будучи необычным и интересным, не совсем соответствовало условиям конкурса.
Изначально Перцов планировал переработать проект Малютина, но среди отвергнутых эскизов художника увидел здание, полностью отвечающее его пожеланиям. Это был жилой комплекс в неорусском стиле, в основе которого лежал типовой трёхэтажный дом, построенный на этом участке в 1886 году. По задумке автора к нему добавили мансарду, оборудованную под художественные студии, со стороны набережной пристроили четырёхэтажный особняк, а вдоль переулка — боковой корпус, примыкающий под острым углом.
Архитектором проекта выступил Николай Жуков, который сумел объединить художественный замысел Малютина в цельный и гармоничный ансамбль. Руководителем строительства был назначен инженер Борис Шнауберт. Работы велись под непосредственным надзором хозяина дома, вносившего коррективы по хозяйственному и техническому устройству. В соответствии с его пожеланиями все перекрытия были выполнены в камне, электрическая проводка и водосточные трубы спрятаны внутрь стен. Художественное оформление здания Перцов полностью доверил Малютину. Интерьеры Малютин задумал в русском стиле с обилием резных деревянных элементов, которые выполнили выписанные из Нижегородской губернии кустари.