Государственный бухарский музей-заповедник был открыт в 1922 году, основой его коллекции стало имущество последних правителей Бухарского эмирата из династии Мангыт. В 1945 году фонды музея были переведены в крепость Арк — древнюю цитадель, возвышающуюся почти на 20 метров над уровнем остального города. Выбор места для экспозиции был неслучайным — крепость является самой древней частью города, уникальным архитектурно-археологическим памятником Бухары. В фондах музея хранится более 130 тысяч экспонатов, рассказывающих о 2500-летней истории и культуре города и узбекского народа.
Статус Бухарского государственного архитектурно-художественного музея-заповедника музей получил в 1983 году. Кроме главного, областного краеведческого музея, в его структуру сегодня входит музей декоративно-прикладного искусства во дворце «Ситораи Мохи-Хосса», музей изобразительных искусств, музей истории Рамитанского района, музей истории древнего Пайкенда, мемориальный музей Абу Али ибн Сибы (Авиценны), музей ковров, музей истории кузнечного ремесла, мемориальный музей имама Аль Бухари и многие другие.
На протяжении многих столетий город Бухара оставался важнейшим культурным, религиозным, духовным центром Средней Азии. О том, насколько развит был город, свидетельствует число учащихся медресе — до 20 тысяч человек. На протяжении многих веков Бухара являлась столицей разных государств — Саманидов, Мангытов, Шейбанидов, Аштарханидов, Бухарской народной советской республики. Каждая эпоха оставила неизгладимый отпечаток на облике города, нашедший отражение не только в архитектуре, но в экспозициях музея и его многочисленных филиалах.
Бухарский музей был открыт 8 ноября 1922 года по решению Назирата просвещения Бухарской народной республики. Он занимал пять комнат в отделении бывшего русско-китайского банка и соседствовал с центральной читальней, театром и клубом. Изначально музей рассматривался как часть комплекса культурных учреждений и не был способом сохранения и популяризации истории и культуры.